伴随着科学技术的不断发展,各个高校都在加强自身的科研建设工作,特别是一些研究型大学,已经成为了我国科学研究体系中十分重要的一部分。为了能够更好的促进我国科学技术整体水平的提高,国家对于高等教育的投入也越来越重视,向高校发放的科研经费也日渐增多。科研经费总量的提升一方面能够有效的帮助高校提升教学质量,购买更多的科研仪器,但是另一方面,科研经费的管理问题也受到了越来越多的人的关注。所以,如何能够合理的、公平的分配和管理科研经费对于高校来说是十分重要的研究课题。本次研究工作以内蒙古自治区高校为研究对象。第一点,对本次研究工作的背景、意义以及国内外研究现状进行研究与学习；第二点,总结高校科研经费管理的理论基础并进行下一步的分析与整理；第三点,对我国高校科研经费的投入现状进行共性分析,以及对内蒙古自治区高校的相关情况进行具体分析,并总结出现阶段所存在的问题；第四点,对我国科研经费管理的共同现状进行分析,以及对内蒙古自治区高校的相关情况进行具体分析,找出现阶段我国以及内蒙古自治区高等院校在科研经费管理上存在的问题,以及这些问题的成因；最后,针对存在的问题提出相应的解决办法。本次研究工作所提出的对策主要为：在管理制度与体制上更加完善；建立健全的监督管理体系；规范高校资产管理；加强科研经费整体绩效的评价机制；建立科研经费使用管理的责任追查机制等。通过这些对策来提高内蒙古自治区高校在科研经费上的管理能力与解决部分科研经费管理过程中问题,做到真正将科研经费应用到该用的地方,保障科研经费的整个拨入使用等环节都具有较高的透明度。