企业作为创新的主体，通过研发新工艺、新产品来不断推进整个社会的创新能力，世界各国为了鼓励企业创新的发展，制定了一系列涉及增值税、企业所得税等多个税种的税收优惠政策。研发费用加计扣除就是其中的重要优惠政策，该政策对促进科技和经济深度融合、促进创新带动创业工作提供了必要而又实在的支持。我国在1996年就出台了《关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》，开始了对企业研发费用的进行税前扣除的政策，初期范围局限为国有企业和集体企业，此后在2006年正式规定研发费用税前加计扣除的额度为150％。　　本文选取东莞市为典型案例，通过对研发费加计扣除政策在东莞市的应用情况进行深入的、多维度的分析研究，从中发现并总结政策应用过程中存在的问题，了解企业研发活动受政策影响的情况，以及了解税务部门在执行政策过程中遇到的困难，进而对广东省乃至全国的加计扣除政策改革提供事实依据与经验参考。　　通过分析东莞市在落实企业研发费加计扣除政策的具体情况，发现其中存在着以下问题:(1)在政策设计方面，会计处理与税法的规定差异较大，纳税调整程序繁琐;企业研发费用没有明确的界定，归集工作较为复杂;企业研发项目管理不规范，材料收集和总结有一定困难;税务机关对法规的解释权力过大，存在执法风险。(2)在政策执行方面，企业对优惠政策的知晓度和认知度不高;部分企业主动放弃享受税收优惠;申请成本高，企业积极性不强;职能部门衔接不畅，宣传辅导力度不够;各地未能形成统一规范的执行尺度，容易引发与企业的矛盾。　　本研究进一步对东莞市实际操作中企业、税务部门反应强烈的问题进行了归纳总结，对政策设计、政策执行、企业三个方面的原因进行归纳:政策设计方面的原因有研发费用涉及的具体内容有待进一步明确、部分条款的规定不合理;政策执行方面的原因有税务部门审查程序依然烦琐、研发项目认定流程不够完善、部门间协调合作不够顺畅;企业方面的原因有企业不重视科技创新和税收优惠申报、企业财务管理水平有限，难以准确处理会计与税务的差异;政策优惠力度有限，对企业吸引力不够强。　　接着，本文针对加计扣除政策实践中存在的问题相应地提出了一些政策建议:针对政府部门，本文建议应该完善政策设计，降低政策门槛;提高对企业研发费用的税收优惠幅度，并适度向中小企业倾斜;进一步放宽加计扣除政策的适用范围，允许更多企业享受更多的优惠;简化申请流程，规范执行尺度;约束税务机关权力;增强政策宣传辅导的针对性。针对企业，本文建议应该完善财务会计核算;树立正确的发展意识。