论文部分内容阅读
地黄花叶病毒(Rehmannia mosaic virus；ReMV)是本实验室从地黄上分离鉴定到的一种烟草花叶病毒属(Tobamovirus)可能的新病毒。本项研究在以往工作的基础上，对ReMV基因组5’端和3’端序列进行了测定，确定了基因组全序列，对基因组结构进行了分析，进一步明确了该病毒的地位。在此基础上，对该病毒的寄主范围、钝化温度、稀释限点、粒子形态等特性进行了研究。 利用RhCE-PCR方法获得了ReMV 5’端71个核苷酸和3’端204个核苷酸的非编码区序列。最终确定了ReMV基因组全序列，结果表明：ReHV基因组全长6395个核苷酸(nt)，5’端非编码区含有71个核苷酸(nt)，3’端含有204个核苷酸(nt)；共有四个开放阅读框架(ORF)，分别编码126KD蛋白、183KD蛋白、运动蛋白(MP)和外壳蛋白(CP)。126KD蛋白ORF起始于72nt处，终止于3422nt处；183KD蛋白ORF与126KD蛋白ORF起始于基因组中的同一个位置(第72nt处)终止于4922nt处；运动蛋白(MP)ORF起始于4906nt处，终止于5709nt处；外壳蛋白(CP)起始于5712nt处，终止于6191nt。ReMV与TMV-U1株系的核苷酸序列相似性最高，基因组全长序列相似性为83％，与Tobamovirus属其它病毒基因组全长序列相似性在45％-78％之间；126 kD蛋白基因与Tobamovirus属其它病毒的核苷酸序列相似性在44％-82％，氨基酸序列相似性在32％—93％之间；183 kDa蛋白基因与Tobamovirus属其它病毒的核苷酸序列相似性在48％-83％之间，氨基酸序列相似性在43％—94％之间；MP基因与Tobamovirus属其它病毒肝基因的核苷酸序列相似性在36％-80％之间，氨基酸序列相似性在19％—85％之间：CP基因与Tobamovirus属其它病毒CP基因的核苷酸序列相似性在41％-85％之间，氨基酸序列相似性在34％—94％之间；5’端和3’端核苷酸序列与Tobamovirus属其它病毒5’端和3’端核苷酸序列的相似性分别在52％-92％和51％-94％之间。对ReMV基因组结构的分析结果表明，ReMv的MP和CP ORF被两个核苷酸间隔开，因此ReMV属于Tobamovirus病毒亚组Ⅰ的成员，病毒装配位点位于MP基因的ORF内。 根据Gibbs等人提出的Tobamovirus属病毒的分类描述和鉴定依据，对ReMV的“4404-4450 motif”与Tobamovirus属其它病毒进行了分析比较，发现ReMV的“4404-50motif”与Tobamovirus属的特异性保守位点完全一致，说明ReMV属于Tobamovirus病毒；但ReMV的“4404-50 motif”既不同于TMV和ToMv，也不同于其它30种已知的Tobamovirus病毒或分离物，说明ReMV可能是Tobamovirus属病毒的一个新种。 对ReMV的纯化方法和生物学特性进行了研究。结果表明，ReMv粒子形态为杆状，可以