同源一致性,是指在子代个体共享的一段DNA区域内的等位基因来源于一个共同的祖先。IBD片段的检测是基于谱系祖先的减数分裂来追溯的,由于在减数分裂过程中,DNA片段会被重组打断,会使从祖先遗传的现存DNA片段减小,从而导致IBD片段不断缩小。IBD片段已应用于相位划分、评估遗传力、疾病基因的定位、推测人群的群体历史、检测群体自然选择信号和监测种群动态等。在本研究中,利用同源一致性分析定位重型痤疮的易感基因和解析巴尔蒂人群的混合历史。选取的疾病类型是重型痤疮:一种由雄性激素等分泌异常的复杂疾病。先前的全基因关联分析研究已经在不同人群队列中发现了许多与重型痤疮相关的常见变异。相关的稀有变异还有待挖掘。本研究基于来自1024份病例和1029份对照的全基因组关联分析的数据集,运用IBD分析对中国汉族人群中重型痤疮的易感基因进行定位。依据前0.05%的阈值设定,共检测到187个SNPs,作为显著信号。进一步筛选确定了6个候选基因:TP63,F13A1,DDB2,CACNA1H,CMIP和CDH13。其中有5个位点（即3q28,5q33.3,11p11.2,16p13.3,16q23）被报道与重型痤疮的致病风险因素如雄激素代谢以及皮脂分泌相关。通过在1150份病例和5207份对照样本中开展的独立验证,发现CDH13(P=3.785×10-4),DDB2(P=7.416×10-5)和F13A1(P=1.535×10-4)是中国汉族人群中重型痤疮的候选风险基因。经过多重校正之后,只有DDB2和F13A1是显著的,我们发现F13A1是痤疮的一个新的易感位点。第二部分利用IBD解析群体历史。吐蕃帝国的兴起和扩张被认为是青藏高原古代文明的一个高峰。在吐蕃帝国统治的鼎盛时期,统治区域约400万平方千米,横跨东亚、中亚和南亚的部分地区,统治人口达到一千多万。然而这次由古代藏族人群主导的群体扩张对青藏高原周边人群带来的影响,目前还知之甚少。因此,本研究对居住在巴基斯坦吉尔吉特-巴尔蒂斯坦地区的巴尔蒂人进行群体历史的推测。新测序了60个个体的全基因组序列,与已发布的数据合并分析,利用IBD结合群体遗传学的方法,证明巴尔蒂人中确实存在藏族人的组分,大约占22.6%～26%;巴尔蒂人是由藏族人和克什米尔人混合组成,其中藏族人对巴尔蒂人的基因流的时间大约在距今39-29代以前,即现代巴尔蒂人中的藏族祖先可以追溯到吐蕃帝国时期及随后的移民,而不是发生在早期的象雄古国,且线粒体DNA、Y染色体和X染色体的数据结果表明,古代藏族人对巴尔蒂人的基因流存在性别差异主要以男性为主,符合当时吐蕃帝国的军事入侵主要涉及男性。此外,还发现,在巴尔蒂人的基因组中,与高原适应相关的选择信号并非由藏族人的基因流起主导作用,不支持混合选择加速适应性进化的假说。鉴于巴尔蒂人在被吐蕃帝国控制之后的几个世纪几乎完全使用藏语和藏文化,研究结果表明,吐蕃帝国对巴尔蒂斯坦的影响占主导地位的是文化传播,而对人群混合的影响较小。