随着信息全球化和市场竞争的加剧，导致产品的生命周期越来越短以及产品的复杂度不断提高，从而对企业的创新能力要求越越来越高，为了充分利用外部资源、降低创新风险、分担创新成本，企业选择与相关的其他企业一起进行合作开发，以集体优势赢得市场竞争。合作创新能够有效的实现研发的规模经济，使合作伙伴从中获得对他们的生存和成长来说所需要的互补资源，但同时也会带来新的合作风险。如果参与合作的成员不能或不愿提供创新所需的资源，或者在合作伙伴的投资基础上“搭便车”，而合作伙伴在预测其他成员会“搭便车”时首先选择减少提供资源，进而导致合作创新陷入“恶性循环”，这些因素将使前面所提到的潜在优势消失，并且会在一定程度上导致合作创新的失败。因此，对合作创新中成员企业在一定的环境因素下的研发投入情况进行深入研究，从而识别出成员的投资意愿对提高合作创新成功率具有一定的现实意义。本文结合合作创新理论，运用文献、博弈论和仿真等研究方法对供应商参与合作创新的研发投入行为进行了较为系统的研究，主要研究内容有：（1）通过建立一个供应商与一个生产商进行合作创新的博弈模型，研究供应商和生产商进行有效合作时，企业的研发投入量、利润、消费者剩余和社会福利在三种合作模式下的差异，以此来探讨企业对合作模式的选择问题。（2）通过建立多个同质供应商与一个生产商进行合作创新的博弈模型，研究了四种合作模式下，横向和纵向研发溢出、供应商的参与个数等因素对企业研发投入的影响，以此来探讨企业在不同合作模式下为提高其研发投入量而需要采取的相应措施。（3）对存在市场风险的供应商参与合作创新构建博弈模型，研究参与创新的供应商数目、供应商分配中间产品的方式以及新产品效用函数的形式等因素对合作成员的研发投入以及供应商研发总量和供应链研发总量的影响，以此来探讨合作创新过程中对合作伙伴以及合作方式的选择问题。（4）建立了考虑产品核心价值的供应商参与合作创新博弈模型，探讨当生产商处于产品创新的核心地位时，收益分配方式、市场规模以及生产商和供应商的相对资本规模等因素对供应商和生产商的研发投入意愿的影响。（5）对供应商和生产商之间存在研发溢出的合作创新建立博弈模型，探讨了溢出效率、企业创新能力、企业对溢出的吸收能力等因素对供应商和生产商的研发投入意愿的影响，还进一步探讨了按研发投入比例分配收益时资本测量的相对准确度对合作研发的期望投入的影响。通过研究，本文得出如下结论：（1）在供应商和生产商进行有效合作时，研发投入量随着合作紧密程度的增加而增加，即共谋研发模式大于协作研发模式、协作研发模式大于非联盟研发模式。（2）纵向溢出对提高供应商和生产商的研发投入量有正效应，而横向溢出对研发投入量的影响与合作模式和市场结构相关。（3）参与创新的供应商个数越多，供应商和生产商的研发投入量越少，但是就供应商和生产商的总研发投入量来看，选择正确的合作对象和分配方式时也能使总研发投入量保持在较高的水平。（4）当生产商处于产品创新的核心地位时，有很大的概率会将其全部资本投入研发，而供应商在市场收益较低以及平分收益时具有较高的“搭便车”意愿，随着市场收益的增加或者采用按比例分配收益，其投入全部资本的意愿将迅速上升。