马铃薯薯形基因位点标记开发与物理图谱构建

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薯形是马铃薯块茎最重要的外观性状,位于10号染色体上的Ro基因是控制薯形遗传的主效位点,贡献率超过70%。本研究在已有的二倍体F1代分离群体连续4年表型鉴定的基础上,将混合群体组分法与基因组测序相结合,开发了与薯形紧密连锁的分子标记,利用标准圆薯形分离后代材料,构建了细菌人工染色体(BAC)文库,并利用薯形连锁分子标记进行了文库筛选,通过获得的阳性BAC单克隆末端测序和标记开发,将阳性BAC单克隆拼接,初步构建了薯形主效基因Ro区域的物理图谱。获得的主要研究结果如下:1.完成了薯形群体分离后代的块茎表型鉴定。经连续两年的块茎表型鉴定,结合本实验室已有的连续4年的鉴定结果,筛选获得了遗传稳定的圆薯形材料227份(I<1.2),椭圆薯形材料105份(1.2≤I<1.5),长薯形材料155份(I≥1.5),其中极端圆薯形材料151份(0.9≤I≤1.1),极端长薯形材料59份(I≥1.8)。2.开发出10个与薯形性状紧密连锁的分子标记。选出106份后代材料,分别构建了极端圆薯形材料DNA混池RB2bRAD和极端长薯形材料DNA混池LB2b RAD,进行了混池高通量简化基因组测序。经混池间差异标签的比对与筛选,发现了1个与薯形遗传相关的混池差异区域,并在此区域内开发出1个与薯形紧密连锁的多态性标记。选出66份后代材料,分别构建了两个极端圆薯形材料DNA混池RB1和RB2以及一个极端长薯形材料DNA混池LB,进行了全基因组测序。通过对混池之间差异SNP的检测与比较,筛选出10号染色体47.31-49.40Mb物理区间内混池差异SNP集中的区间17个,根据每个区间内SNP位点变化信息及其侧翼序列设计引物,开发出与薯形基因紧密连锁的多态性标记9个。3.初步构建了圆薯形主效基因Ro位点区域的物理图谱。根据分离群体的表型鉴定数据结合分子标记检测结果,提取8份标准圆薯形材料(I≈1.0)混合基因组DNA,以pCC1BAC质粒为载体,构建了圆薯形材料BAC文库。利用与Ro位点紧密连锁的分子标记筛选BAC文库,获得了8个阳性BAC单克隆,并进行BAC末端测序、标记开发,获得了2个与薯形连锁的末端多态性分子标记,最终通过染色体步移方法构建了Ro位点区域约180kb的物理图谱。整合薯形连锁分子标记和BAC末端标记构建了Ro位点区域的遗传图谱,结合物理图谱的位置,将Ro基因重新定位到两个分子标记之间,为其最终克隆奠定了基础。
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