2011-2012年广西犬脑组织狂犬病病毒检测及其全基因组序列分析

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本实验对来自广西部分地区共443份犬脑组织病料进行RT-PCR检测,经诊断其中共有6份为狂犬病病毒(rabies virus, RV)阳性。用小鼠进行脑内接种并成功分离出6株狂犬病病毒株,分别命名为GXHCHJ、GXLZ04. GXRA03、GXRA06、GXLB19和GXNNSL。对分离毒株进行N、G基因扩增和遗传进化树分析,结果表明GXRA06、GXLB19和GXNNSL则同属于Group Ⅰ,而GXHCHJ、GXLZ04和GXRA03同属Group Ⅱ。对Group Ⅰ的GXLB19和GXNNSL毒株以及Group Ⅲ的GXN119毒株进行全基因组测序,结果表明狂犬病病毒株GXLB19、GXNNSL和GXN119的全基因组大小分别为11921nt、11922nt、11924nt,而先前本研究室测定的Group Ⅱ毒株GXBH2011的全基因组大小为11924nt。将GroupⅠ、Ⅱ、Ⅲ的狂犬病病毒株GXLB19和GXNNSL、GXBH2011、GXN119与国内外已发表在NCBI上的36株狂犬病病毒株从全基因组水平上进行全面比较和分析。经全基因组分析,本研究4株狂犬病病毒株的各个结构基因大小、功能基序以及重要功能位点等相一致,仅在个别位点存在差异。影响mRNA表达的转录起始和终止信号序列极其保守,分别为AACA和G(A)7。此外,在G-L非编码区,本研究毒株只在G蛋白终止密码子的下游470个核苷酸处编码第二个保守位点TTP基序。本研究测定和全面分析不同群毒株间全基因组序列,这反映了不同来源狂犬病病毒的差异,丰富我国狂犬病病毒的背景资料,为我国制定有效的预防狂犬病策略或疫苗研制提供理论依据。
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