明代鉴元朝独尊萨迦之弊,采取“多封众建”的治藏政策,在这样的政策背景之下,各教派获得了相对平等的发展机会。但藏区各政教势力因政治、经济乃至宗教的利益冲突,平稳格局逐渐被打破,藏区教派势力与地方政治势力不断联合,争斗,甚至兵戎相见。各利益同盟体为了争夺最后的胜利,以至于不得不借助外来军事力量。对于蒙古势力的过分依赖,从而也决定了此后在相当长的一段时期内出现了蒙藏在藏区联合执政的局面。目前史学界关于藏区各教派纷争的系统化研究还比较薄弱,本文侧重于汉藏史料的整理及分析,以传统的历史叙事方式,致力于相关历史事实的重新构建。运用宗教学、民族学的相关研究理论,采取跨学科的研究方法,通过研究明代西藏各教派的纷争,以厘清各教派纷争背后的真实意图,重点探究明代藏区宗教教派与世俗力量相互提携利用乃至联合的影响。文章主体研究分为四大部分第一探讨明朝“多封众建”的基本策略,以及在这样的政策之下西藏各教派的分布格局;第二重点分析帕木竹巴政权的衰微与藏传佛教各教派的纷争;第三由于前期的斗争的难分伯仲,导致后期蒙古势力的渗入并且在这样的情况下格鲁派不断地壮大;第四章主要论述在这样的斗争情形下导致清初蒙藏联合主政格局的形成。