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从健康的对虾养殖环境中分离筛选到一株有机物降解菌Y5,从海水养殖水体中防腐钢片的微生物粘膜上分离筛选到一株有抑菌作用的细菌DL2。根据菌株形态特征,API 20E生化鉴定试剂条鉴定结果及16S rRNA基因序列分析,菌株Y5鉴定为芽孢杆菌属的坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus),DL2鉴定为Phaeobacter inhibens。对菌株Y5胞外酶活力及DL2抑菌活性进行测定,发现Y5具有较强的酪蛋白酶、明胶酶、淀粉酶、卵磷脂酶、脂酶等胞外酶活性,菌株DL2具有较广泛的抑菌谱,对致病性弧菌表现出较强的抑菌作用,表明菌株Y5、DL2可以作为潜在的有益菌应用到水产养殖中。用菌株Y5免疫新西兰大白兔制得特异性抗血清,建立了菌株Y5的间接ELISA检测方法,检测灵敏度为105cell/ml;利用细菌gyrB基因的通用引物UP-1/UP-2r,成功的扩增了菌株Y5和DL2的gyrB基因,根据所测得gyrB基因序列,设计了Y5和DL2的特异性引物,建立了Y5和DL2菌的PCR快速检测方法。引物BF1/BR2能特异性的扩增出Y5的gyrB基因,最低检出浓度为6.0×103cfu/ml,50μlPCR反应体系中的检测灵敏度为12.5pg;引物PF1/PR1能特异性的扩增出DL2的gyrB基因,最低检出浓度为2.98×104cfu/ml,50μlPCR反应体系中的检测灵敏度为31pg,结果表明引物BF1/BR2和PF1/PR2能较灵敏的检测出目的菌株。分别将Y5和DL2与饵料混合饲喂实验室小水体养殖的斑马鱼和蛤蜊,利用建立的PCR检测方法,并结合传统的分离方法对菌株Y5和DL2进行检测,研究它们在养殖动物消化道中的存活情况。发现有益菌Y5可以在养殖动物消化道内能存活两周以上,数量稳定后基本不发生明显变化,而且成为肠道中的优势菌;有益菌DL2在两种养殖动物肠道内能存活24h左右,表明有益菌Y5进入养殖动物肠道后,可以快速的在养殖动物肠道中定植并繁殖下来,而有益菌DL2在肠道内的定植能力较弱,只能在蛤蜊和斑马鱼肠道中短暂停留。用所建立的PCR检测方法对青岛近海岸的环境总DNA以及从不同海水环境中分离保存的68株菌进行检测。在对环境样品总DNA检测中,引物BF1/BR1和PR1/PR2均未扩增出特异性条带;在对不同海水环境中分离的68株菌的检测中,引物BF1/BR1检测到了两株能扩增出特异性条带的菌株,这两株菌均分离自养殖环境,引物PR1/PR2未扩增出特异性条带。对环境中检测引物BF1/BR1检测到扩增出特异性条带的两株菌进行16SRNA基因测序分析,进一步确证这两株菌均为坚强芽孢杆菌,表明引物BF1/BR1可以用于坚强芽孢杆菌的快速检测。检测结果也表明坚强芽孢杆菌多存在于养殖环境中,而phaeobacte inhibens可能在环境中存在较少。