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棉花纤维是天然纺织原料之一，随着纺织工业发展，人们对棉花纤维品质的要求越来越高。陆地棉产量占世界棉花产量的90％，是世界棉花的主栽品种。对陆地棉的纤维品质进行改良是棉花育种工作长期追求的目标，但陆地棉遗传基础狭窄，且产量和纤维品质间存在负相关，限制了常规育种对产量和纤维品质的协同改良。利用分子标记技术构建棉花海陆杂交群体的遗传图谱，对纤维品质性状QTL和相关基因进行定位是棉花遗传改良的重要辅助手段。本研究利用新疆本地棉花品种配置的海陆杂交BC1群体构建了棉花种间SSR标记遗传连锁图谱，并通过分析纤维品质表型数据、克隆分析棉花CAD6基因在海陆棉花种间的多态性，把纤维品质QTL和CAD基因家族中的CAD6定位在了连锁群上，开发了CAD6基因的锚定标记。其主要内容如下: (1)以新疆本地棉花品种陆地棉高代品系565(Gh line565)和海岛棉新海25(Gb新海25)为亲本，构建了回交BC1作图群体，[(Gh line565×Gb新海25)× Gh line565]。该群体包括94个单株。利用165对SSR标记对BC1群体材料进行基因型分析，构建了一张包括121个SSR标记的遗传连锁图谱，该图谱总长度为2059.1 cM，占棉花基因组的41.2％。该图谱由分布在26条染色体上的29个连锁群组成，最大的连锁群长度为53.7 cM，最小的连锁群长度为1.2 cM，连锁群上平均标记个数为4.7个。通过复合区间作图法在连锁群上定位了20个纤维品质相关QTL，分别位于染色体Ch4、Ch7、Ch8、Ch10、Ch11、Ch12、Ch14、Ch15、Ch19、Ch21、Ch23上。其中，纤维长度QTL6个;整齐度QTL3个;伸长率QTL2个;马克隆值QTL3个;比强度QTL6个。 (2)在2个海岛棉和2个陆地棉中对CAD6A，CAD6B2个基因进行克隆、测序，分别得到了异源四倍体棉花At，Dt亚组中的CAD6A，CAD6B基因。对陆地棉，雷蒙德棉，拟南芥中的CAD基因进行了系统进化分析，结果陆地棉CAD6A，CAD6B基因与拟南芥的AtCAD4和AtCAD5处于同一进化分支。对来源于4个不同棉种中的CAD6基因进行聚类分析，其可分为4个小进化分支，确定了CAD6A、CAD6B在异源四倍体At和Dt亚组中的归属。对CAD6A，CAD6B序列进行多态性分析发现，CAD6基因在不同的棉花品种间多态性较高，在海陆种间多态性也较高，主要表现为长度多态性和SNP。 (3)针对CAD6基因序列片段中的多态性位点设计引物，利用巢式PCR技术在BC1群体中对CAD6A，CAD6B基因片段进行扩增、测序。对该基因多态性位点在BC1群体中的分离情况进行统计，并与SSR标记进行整合作图，结果CAD6A和CAD6B基因分别被定位在染色体Ch12和Ch14上，并分别与纤维比强度QTL连锁，开发了CAD6基因的锚定标记。