近年来,随着我国市场经济的较快发展与税收征管制度的不断完善,税务风险日益成为影响企业健康发展的重要因素,企业也逐渐重视对其的管理。医药行业对社会经济的发展影响重大,同时关乎着百姓的生命健康与社会的平稳运行,是税务机关监控的重点行业。为了降低药价、打击医药行业存在的大量虚开发票的违法犯罪行为,国家卫计委联合国家税务总局等八部门在政策层面上出台医改“两票制”政策,医药企业依政策要求在生产、流通环节转变了经营模式,相应业务的涉税处理方式也发生了变化。在此背景下,医药企业面临的税务环境更复杂、税务风险更严重,因此在当下新冠疫情防控的特殊时期,研究医药企业税务风险管理具有重要的现实意义。本文首先对税务风险及其管理、医药行业税务风险管理等相关理论研究成果进行了综述,继而阐述了医药行业的发展现状及重要涉税风险点,然后以从事医药研发、生产、流通与销售的大型综合性医药公司H医药集团为案例,从外部影响因素与企业税务风险内部控制两方面深入分析该医药企业当前面临的税务风险及税务风险的成因,最后提出如何采取积极有效的措施防范与管理此类税务风险。在分析H医药集团的税务风险时,本文主要基于税负率、财务报表相关涉税指标、生产经营环节这三方面对企业现存税务风险进行了详细分析,指出了在当前政策背景下,H医药集团需要重点关注销售费用与研发费用、采购环节与销售环节的涉税处理。文章最后主要从深化税务风险管理意识、构建税务风险管理体系、关注重点涉税经营环节与构建信息交流机制这四个方面提出了加强H医药集团进行全面税务风险管理的建议。