血浆cfRNA早期胃癌标志物分子筛选分析

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研究背景胃癌(gastric cancer,GC)是全球五大常见恶性肿瘤和四大癌症相关死亡原因之一。在过去几十年中,尽管胃癌患者的生存率有了显著程度的提高,但由于胃癌在早期阶段大多无明显症状,导致患者被诊断为胃癌时通常已处于预后效果较差的进展期。据相关文献报道,胃黏膜的癌变是一种级联发展过程,对癌变前一系列疾病的早期诊断及治疗可以降低胃癌相关的死亡率。因此,使用有效的筛查方法对前驱病变(precursor lesions)和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)进行诊断是十分必要的,能够提高患者五年生存率。近来,循环游离RNA(circulating cell-free RNA,cfRNA)和m6A修饰RNA作为分子标志物在癌症的早期诊断、个性化治疗及预后监测等方面都显示出巨大潜力。为此,本研究在对cfRNA及RNA分子片段化形式作为EGC分子标志物研究的同时,对血浆中cfRNA的m6A甲基化水平进行检测分析,探讨m6A水平的差异是否可以作为一种新的肿瘤诊断的评判指标。研究目的1.在已有研究基础上对前驱病变及早期胃癌血浆中的CEBPA-AS1、INHBA-AS1、AK001058、UCA1、PPBP和RGS18等6条RNA分子进行筛选鉴定,以期获得作为诊断早期胃癌的血浆RNA候选分子标志物。2.通过验证lncRNA ENST00000568893.1不同RNA序列片段在血浆中的表达水平,探究RNA片段化分析作为胃癌诊断标志物的可行性。3.通过对血浆中28S rRNA m6A修饰水平的检测,分析m6A修饰水平的差异在胃癌标志物方面的应用价值。研究方法1.通过q RT-PCR方法在前驱病变和早期胃癌患者血浆以及健康者血浆样本中对6条RNA分子进行检测分析,并通过ROC分析判断其作为肿瘤标志物的效能。2.以lncRNA ENST00000568893.1作为分析对象,根据其RNA全长序列将其分为3个不同序列片段,分别设计对应各RNA片段的PCR扩增引物,通过q RT-PCR方法检测lncRNA ENST00000568893.1 RNA不同片段在前驱病变患者血浆、早期胃癌患者血浆及健康者血浆中的表达水平。3.基于YTHDF2重组蛋白可以特异性富集m6A修饰RNA的原理方法,实现对血浆中28S rRNA m6A修饰水平的检测,分析早期胃癌患者和健康者血浆样本中m6A修饰28S rRNA的水平是否存在差异。研究结果与结论一、早期胃癌血浆中RNA分子候选标志物的筛选1.通过q RT-PCR检测分析,在6条RNA分子中,lncRNA CEBPA-AS1、INHBA-AS1、AK001058和UCA1等4条lncRNA在前驱病变和早期胃癌患者中较健康者表达上调,PPBP和RGS18等2条m RNA在前驱病变和早期胃癌患者中表达下调。2.通过ROC分析,在前驱病变中,包括INHBA-AS1、AK001058、UCA1和RGS18等4-RNA组合的AUC值最高;在早期胃癌中,包括CEBPA-AS1、INHBA-AS1、AK001058、UCA1、PPBP和RGS18等的6-RNA组合AUC值最高。二、早期胃癌患者血浆lncRNA ENST000005688931.1 RNA片段异质性分析1.lncRNA ENST00000568893.1 RNA不同片段在同类型血浆样本中的含量不同,同一片段在不同类型血浆样本中的含量亦不同,这表明lncRNA ENST00000568893.1在血浆中并非以完整的形式存在,而是存在片段的异质性。2.3种RNA片段ENSTa、ENSTb、ENSTc之间的不同组合的AUC值均高于其各自RNA片段的AUC值。三、m6A修饰28SrRNA在早期胃癌血浆中的检测鉴定1.YTHDF2重组蛋白可以富集m6A修饰RNA,实现血浆中m6A修饰28S rRNA水平检测分析。2.早期胃癌血浆中m6A修饰28S rRNA的水平高于健康者。本研究结果为获得基于cfRNA和m6A修饰RNA分子的胃癌早期诊断标志物分子提供了基础。
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