医药工业是关乎国计民生的重要行业，是培育发展战略性新兴产业的重点领域，在国民经济中地位特殊。对医药工业上市公司的效率进行评价，不论是对于其投资者、经营管理者，还是对于政府管理部门都具有十分重要的意义。本文通过文献阅读和梳理，归纳了随机前沿分析法相比于数据包络分析法所具有的优点，创新性地选择SFA三种模型分别测度85家样本医药工业上市公司2005-2011年的效率值和效率排序。三种模型的测度结果均显示中国医药工业上市公司效率水平在整体呈上升趋势，不同医药上市公司之间的效率差异不断缩小，效率水平在稳定增长中逐步趋同。接着，本文又对三种模型的测度结果进行一致性检验，结果显示效率排序通过一致性检验，而效率值有显著差异。根据以上实证结果，本文从医药企业的研发投入强度、企业规模、股权集中度和产权性质等方面分析了医药企业效率差异的影响因素。实证结果表明：研发投入强度对医药企业效率的提高有促进作用。同时，企业规模与股权集中度都有利于医药企业效率的提高，但企业规模的变化对医药企业效率的影响较小，而股权集中度的高低对医药企业效率的影响则更是非常微弱。医药企业产权性质与医药企业效率之间不存在明显的相关关系。