随着科技企业孵化器与风险投资的合作越来越密切，二者融合现象逐渐显现，为了深入研究这一现象，论文以综合孵化系统为载体，以系统论为研究视角，综合运用CAS刺激-反应模型、CAS回声模型、公司治理等理论及Repast S仿真模拟方法，对综合孵化系统的现状及发展趋势进行了深入的研究，具有一定的理论及现实意义。本文的创新之处及结论主要体现在以下几个方面：（1）构建综合孵化系统的内部运行模式并分析其自适应机制从内涵、分类、模式等方面对综合孵化系统进行了理论概述。从聚集、非线性、多样性、流四个特性及标识机制、内部模型、积木机制三个机制的角度，论证综合孵化系统复杂适应系统的特性。运用CAS回声模型和刺激-反应模型构建综合孵化系统内部运行模式并分析其自适应机制，得出系统可以通过学习创新机制、平衡协调机制、演化进化机制完成对环境的适应性的结论。（2）对综合孵化系统进行Repast S仿真模拟以系统分析为出发点，基于JAVA编程语言运用主流复杂系统仿真软件Repast S对综合孵化系统的运行过程进行仿真模拟。依据模拟结果运用图表分析的方法深入挖掘数据的隐含信息并得出以下结论：传统外部合作模式有助于对孵化对象自身能力的培养，使资源向少数优质主体聚集；综合孵化系统的运行模式代表了一种孵化器与风险投资内部合作的理想化模式，但也存在一定问题，合作的成功和有效可以不拘泥与一种形式，多样的组合有利于资源空间的扩展。（3）构建综合孵化系统网络的治理机制及虚拟综合孵化系统的运行模式基于公司治理中的网络治理理论，从概念、构成要素、特性及作用等方面构建综合孵化系统网络的基本理论。设计得出综合孵化系统网络治理的信任机制、声誉机制、联合制裁机制、合作文化机制等宏观治理机制，及学习创新机制、激励约束机制、决策协调机制、利益分配机制等微观治理机制，优化了综合孵化系统网络的运行。同时深入研究虚拟综合孵化系统，在概念、特点、作用等方面对其进行了详细阐述并与实体综合孵化系统进行了比较。从社会、经济、技术的角度分析虚拟综合孵化系统的运行环境，得出系统主要的运行模式并分别阐述其运行机制。在此基础之上，给出虚拟综合孵化系统的发展策略。