棚户区改造工程不仅是我国大型公共投资建设项目,也是我国重点民生工程之一,我国财政部每年投入大量公共财政资金用于支持棚户区改造工程发展建设。由于其涉及资金量巨大且关乎底层人民的切身利益,棚户区改造工程的发展建设状况一直备受社会各界的高度关注。但是由于棚户区改造工程项目工程量较大、建设过程较为复杂,建设周期较长等因素,在近些年的发展建设过程中,时常出现资金管理使用不善、建设项目手续不齐全以及项目建设监管不到位等情况。这些问题的存在不仅严重制约了公共资金的使用效率,还拖延了项目的建设进程,从而对项目建设取得的效益产生重大影响。因此对棚户区改造工程项目建设开展科学、合理、有效的绩效审计对于保障资金的有效运行、提升项目建设质量以及尽快帮助中低收入人群改善生活质量都具有十分重要的意义。我国棚户区改造工程绩效审计的研究起步较晚,无论实践探索还是理论研究方面,都尚未构建出一套科学完善的棚户区改造工程绩效审计评价指标体系。因此,构建一套科学合理完善的评价指标体系成为该绩效审计研究领域的重点。本文基于文献研究的基础上,对国内外的相关研究现状进行梳理以及对核心概念和理论基础进行详细解读。根据审计署和部分省（自治区）审计厅发布的相关审计公告,结合棚户区改造及其审计的实际现状,对棚户区改造工程绩效审计存在的潜在问题进行深入分析,找出了对绩效审计评价产生重要影响的关键因素主要是绩效审计评价标准不完善,绩效审计评价指标体系不全面以及绩效审计人员知识结构单一。由此,本文依据项目生命周期理论、公共受托经济责任理论等以及棚户区改造工程建设流程,构建棚户区改造工程绩效审计评价指标体系并运用层次分析法确定各个指标权重。为了验证该指标体系具有实践和应用价值,以M中心城区棚户区改造工程审计作为研究样本开展研究,运用构建好的绩效审计评价指标体系对该案例进行绩效审计评价分析,最后针对棚户区改造工程绩效审计指标体系存在的问题,提出相应的保障措施。棚户区改造工程绩效审计评价指标体系的构建与应用为基层审计人员更好地执行棚户区绩效审计工作提供一定的帮助,进一步促进棚户区改造工程建设工作的高效实施。