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随着DNA分析技术的发展与应用的不断深入，DNA数据的存储与访问日益成为关注的焦点。一般应用系统采用现有的数据库系统来进行管理，数据库系统区别于其它系统的重要方面之一是DBMS具有有效地处理非常大量数据的能力，但是随着DNA数据量的增长，数据的检索速度日益捉襟见肘，如何提高数据的检索效率逐渐受到重视，特别是在一些特殊领域对数据的实时性要求较高的情况下，更需要快速的数据检索。本文正是基于此考虑，针对DNA数据的特点及实际比对的需要，通过具体的数据库实现技术，分析了存储结构对数据库访问速度的影响。在此基础上通过对给出的几个具体的存储方案及相应的比对算法的实际测试，得到一个相对较优的解决方案。并依此建立了数据比对系统，该系统是采用J2EE应用服务器技术设计的三层B／S体系结构。