高等学校尤其是研究型大学在我国各项事业中都发挥着极其重要的作用。虽然国家加大了高等教育的投入，但教育资源依然十分有限。为了实现教育资源的优化配置，众多研究者采用各种评价方法对高校的科研效率进行了评价。然而这些评价方法是否能真实反应高校的科研效率呢？针对这个问题本文展开了相关研究。本文主要运用了定量分析和定性分析、实证分析和规范分析相结合的方法。首先，根据研究型大学的特点以及其他学者的研究给出了研究型大学的定义，并从国家教育政策的导向和这些高校在高等教育事业中重要程度的视角确立了那些“985工程”高校即为研究型大学。其次，详尽地分析了开展科研评价的必要性，阐述了科研效率评价的相关理论以及与高校科研活动有关的各因素之间的关系。这些研究为后面的实证分析在选择评价样本和指标体系时提供了很好的理论支撑。最后，通过实证分析，运用灰色决策评价法、主成分分析法、数据包络分析法分别对我国30所研究型大学的科学研究效率进行了评价。通过对本文结果的比较分析发现，在现有的指标和数据下，这三种方法只在部分高校上的评价具有一致性，灰色决策评价与数据包络分析偏好于综合类大学，而主成分分析偏好于工科类高校，同时主成分分析与数据包络分析对北方高校的评价较高。