经济改革在给非公有制企业提供了与公有制企业公平竞争的土壤同时也促进了市场竞争和资源的合理、优化配置。在此期间,劳动者工资增加的同时也出现了改革市场化程度不够、国企待遇过高、职工工资收入不平等等问题。诸多研究表明,这些问题都是中国转型经济的重要特点。不同组织面临的经济体制和外部环境不同,工资决定和支付制度也不尽相同。引起工资决定差异的来源一般分为两种:一是个体人力资本存量差异;二是职业、行业、地区等非市场因素。在完全市场化环境下,工资的决定更大程度由个体人力资本决定,因此高人力资本取得回报率必然是高的。当市场化程度不完全时,非市场因素使得职工工资偏离市场工资,此时存在工资的溢价。若差异均由人力资本存量不同导致,则认为不同企业为“同工同酬”,否则认为“同工不同酬”,劳动力市场存在市场分割。不公平、不合理的工资差距是影响社会稳定和良好有序的经济发展。在上述社会背景和现状下,探究组织内部工资决定和人力资本回报变迁对理解和认识中国市场化改革成效和劳动力市场效率是直观的。本文在相关优秀文献基础上,通过理论分析探讨中国不同类型组织内部工资差异以及工资决定差异,重点关注人力资本因素。以扩展的明赛尔工资方程为重要研究依据,利用连续三年的CHIP数据,使用稳健最小二乘方法和分位数回归方法进行计量经济分析。首先,主要针对研究主题使用数据进行初步的描述性统计分析,得出目前各个组织内部工资和人力资本的基本情况。然后,利用实证方法估计人力资本回报并探究不同组织内部的变迁情况(教育、经验等回报率),总结不同类型组织工资决定机制。再次,使用分位数回归做出进一步分析,揭示不同组织内部不同收入分布条件下劳动者的教育收益率情况。最后,结合上述分析结果和中国市场化改革进程,总结相关结论并提出对应的政策建议。根据CHIP数据得到,无论是在工资性收入还是非工资性收入方面外资企业具有较大优势,集体企业水平最差。单独考察奖金和福利,除外资企业,党政机关、国有企业发放较多,这些非工资收入没有计入实证研究中的收入变量。在工资结构层面,各个组织工资结构随着时间推移渐渐类似。公共性质组织(党政机关、国有企业)职工平均年龄较大,工作年限也较长。实证结果显示,教育回报率在各年份各组织中都是显著的,但是回报率大小在不同组织内部不尽相同。在非公共性质的组织中(外资、私营及个体企业),教育回报率更高,可看作是市场化的教育回报率。在探究人力资本回报变迁中,实证结果得出2002年至2013年,教育回报率在五类组织内部变迁的趋势是不同的。国有企业较为特殊,教育回报率在2002-2007年略有下滑,2007-2013年却是上升的,其余组织均与国有企业变化相反,这在以往的文献中未曾提及。公有性质组织教育回报率与之相比更小,经验回报率更高,这说明公有性质组织中工资决定在一定程度上是扭曲的。分位数回归结果显示对于收入分布低端的劳动者,公有性质提供了接近市场工资决定中的教育回报率,但是高分位处劳动者工资决定与市场工资决定相差较大。在上述结论基础上,政府要做的有逐步消除劳动力流动障碍,缓解劳动力市场组织分割状态;关注并大力支持处于劣势的集体企业,为其打开资金渠道给予金融支持;继续深化国有企业市场化改革,规范企业薪酬机制,做到与职工绩效紧密联系、与市场和企业内部相适应,;进一步提高劳动者素质,规范市场供求关系,完善劳动力市场信息流动机制;鼓励女性参与劳动力市场,提高女性就业水平并努力保证公平的就业环境。