伴随着我国经济的飞速发展，自然保护区的事业也取得了长足的进步。作为我国环保法重要组成部分的自然保护区法律、法规同时也在不断地发展和完善，这样就给自然保护区的管理和保护工作提供了重要的法律制度保障。但是随着我国自然保护区数量日益增多，保护范围的不断扩大，保护对象的日益复杂，对自然保护区的保护与开发、自然保护区的保护与地方经济发展之间的矛盾日益突出，仅仅依靠传统的关于自然保护区的行政法律、法规难以对其进行充分的保护，必须运用刑法作为最终的法律保障手段。同时，我国传统环境刑法的规定，不能充分贯彻环境法的理念，难以实现对自然保护区的濒危野生动植物以及生态系统的稳定进行恰当充分的保护，这就需要我们从学术上做进一步的探讨。本文从自然保护区的概念、分类以及我国自然保护区法律体系的发展现状入手，重点介绍我国自然保护区刑法保护的立法现状以及存在的问题，分别从实体和程序两个方面对存在的这些问题进行分析探讨，提出了解决自然保护区刑事立法与司法问题的路径。其核心内容是：以自然保护区体现的生态文明价值观为理论基础，在自然保护区的刑事立法中贯彻可持续发展的理念、环境刑法保护生态的立法理念，突破传统环境刑法陈旧框架的束缚，借鉴国外关于自然保护区的立法经验，制定专门的自然保护区刑事单行法。通过单行刑法规制的方法来强化我国自然保护区的立法保护，力争使自然保护区单行刑法更好地融入环境法的理念，将对自然保护区的刑事实体法和专门的程序法规定在该部单行法中，实现环境法和刑法衔接融合、实体法和程序法的配套统一。