在市场经济环境中，在财政制度及教育体制改革的背景下，高等院校已经不再是单纯的教育者，而是政府投资的使用者，各方资金的经营者，也是高等教育的生产者和社会服务的提供者。　　 在资源相对有限的条件下如何提高资源配置和使用效率，优化支出结构，增加教育产出，在成本最小化的基础上充分发挥其社会经济效益，是高等院校持续发展所面临的考验，也成为各方长期以来关注的重要问题，对于我国目前高等教育的预算和拨款方式以及高校自身发展具有重大意义，而二级学院作为高等学校的下级机构和子系统，在保证其总系统——高等学校资源配置有效的情况中发挥着重要的作用。对高校二级学院经费进行绩效评价，对二级学院乃至高校的绩效预算效果有一个正确的认识，才能使有限的资金得到充分合理的利用，实现效益最大化，因此构建一个有效的高校二级学院经费绩效指标体系以及一套合适的绩效评价方法，对我国高校资金的监管和使用具有很大的理论和现实意义。本文根据C高校2010年的统计数据资料，运用因子分析及数据包络分析法进行实证分析，分别对教育和科研类经费进行分类评价，并对高校二级学院经费使用效率进行总体概况分析。结果表明:各学院的资金使用率不高，应提高资金的使用率，减少闲置资金，优化学院的财务管理体系和资源配置，最终才能使资金的有效利用率提高，从而增加各学院的教学和科研产出，提高绩效水平。在分析绩效评价结果的基础上，提出改善绩效和促进C高校二级学院发展的对策和建议，本文试图探索一条优化二级学院资金分配、解决其现存问题的路。