随着世界范围内科技的蓬勃发展和国际间科技竞争的加剧，科技活动越来越受到各国政府的重视。科技活动范围不断扩大、内容不断增多，科技投入资金也大幅度增加，科研项目经费成为国家财政支出的重要组成部分，是财政支出在科技范围内的延伸和细化。科学、合理的编制政府科研项目经费预算，以及科学、有效地对科研项目经费进行财务监管，直接关系到财政资金投入的效果和国家科教兴国战略的贯彻、实施。 当前，我国正处于从计划经济到市场经济的转变过程中，我国的经济结构和运行方式都发生了很大的变化，我国财政体制也面临构建公共财政体制框架的重大改革，在这个过渡时期我国在增加科技投入、规范预算管理、加强经费监管等方面取得了积极的进展，但在科研项目经费预算管理和财务监管中还存在诸多问题：预算编制依据不足，造成有限科研经费的不合理配置；各科研项目的预算编制不规范，编制方法不统一，编制依据不足，指标论证不充分；执行中出现了从项目经费提成用于人员奖励；项目依托单位从项目经费直接提取管理费：挤占挪用项目经费，超预算范围支出；违反规定自行调整课题项目预算、编制虚假预算；套取项目经费、项目结题后不及时财务结算，长期挂账报销费用；提供虚假配套承诺或配套资金不到位；项目经费脱离依托单位财务监管等，这些问题直接导致使国家科研经费使用效率不高，甚至导致违法、违规现象的出现。本论文以科研项目经费为研究对象，深入剖析科研项目经费预算管理和财务监管的现状以及存在问题，同时全面了解国内各地区科研项目经费监管经验，归集和借鉴国外政府科研项目经费的先进管理模式，详细分析公共财政框架下科技投入预算管理和科研项目经费财务监管模式的选择，对科研项目经费预算管理、科研项目经费过程监管、科研项目经费事后评估和审计方法和配套制度等多方位进行统筹思考，为今后进一步完善我国科研项目经费管理提供必要的理论基础和方法探索。