随着我国科教兴国、人才强国战略的深入推进,各地方结合当地实际加快推进创新体系建设,政府也不断加大科技投入力度。大学作为科教兴国的中坚力量,在其的自身使命的驱动下,它的价值首先是体现在不断地促进我国经济的发展和当代社会的发展进步,对地方经济的发展来说,大学通过源源不断地输送着当地的发展所需要的创新成果和创新人才,为实现当地的工业化和提高当地的现代化水平提供了必要的科学知识和技术能力。而研发活动作为大学科技创新的核心,其主要投入包括是科技资金投入和科技人员投入,然而我国高校的政府科技投入对经济增长的影响是否达到了预期的效果,不同类别高校的政府科技经费投入对经济增长的影响是否存在不同呢,我们不得而知。因此,研究高校政府科技经费投入对经济增长产生的影响,完善政府对高校的科技经费投入机制,提高投入效益,提高高校的科研成果转化能力对当代社会的发展和提高我国在国际竞争中的地位具有重大意义,成为当前亟待解决的问题之一。鉴于此,采用2005-2012年全国286个市的相关数据,应用面板数据模型对不同类别的高校政府科技经费投入进行分析。考虑到滞后效应在运用静态面板数据模型分析之后又采用了动态面板数据模型的分析方法,加入了经济增长的滞后期、固定资本存量的滞后期和三类高校的政府科技经费投入滞后期作为解释变量。研究发现:(1)我国目前对高校的科技经费投入存在力度不足的问题,高校的科技经费占全国R&D经费比重偏低,政府科技经费中投向高校的比重不高;(2)211高校的科技经费投入对经济增长的影响系数不高,短期内高等专科学校的影响系数大于普通本科学校;(3)高校科研创新体制和机制问题导致了高校的科研的成果转化能力不高,高校的科技经费投入对经济增长的影响系数明显小于资本、劳动力、外商投资水平、工业化水平,而且相对于静态数据模型,动态数据模型中的高校科技经费投入对经济增长的影响系数要小得多。基于上述发现,本文提出以下对策建议:加大高校科技投入力度、优化投入结构、创新科研管理体制机制、提高科技成果的产出能力和转化能力。