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中华鲟(Acipenser sinensis)为典型的大型溯河产卵洄游性鱼类,是我国国家一级重点保护野生动物。建立中华鲟人工养殖群体,实现全人工繁殖是人工保存中华鲟物种、实施迁地保护不可或缺的途径。尽管中华鲟已具有一定的养殖规模并且人工繁殖已获得成功,然而在中华鲟资源管理和种群保护中,种群遗传多样性、遗传结构以及系谱关系等遗传学研究一直未受到足够的重视,人工养殖的中华鲟遗传管理方面还相当薄弱。本项目将以中华鲟为研究对象,筛选适用种群遗传研究的微卫星分子标记；通过微卫星标记的进一步筛选建立了亲子鉴定体系,为研究中华鲟养殖群体的系谱结构奠定基础；通过分析中国水产科学研究院长江水产研究所荆州太湖中华鲟试验场(TH)、湖北恒升中华鲟驯养繁殖试验场(HS)和荆州凤凰山中华鲟养殖场(FHS)3个中华鲟养殖群体的遗传结构,评价中华鲟人工养殖群体的遗传多样性水平,为中华鲟科学有效的人工保护提供理论基础。本研究将为中华鲟人工养殖群体的谱系建立和种群遗传管理策略的制定提供理论依据,也为其它鲟鱼的亲子鉴定及遗传结构分析给予借鉴。主要研究结果如下：(1)通过性腺转录组Illumina测序获得2838个含有微卫星的序列,以重复碱基数2～6,重复次数大于6为原则选取165个微卫星序列设计引物,在24个野生中华鲟个体中进行PCR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,银染筛选后得到24对多态微卫星引物。遗传信息分析显示,微卫星位点的等位基因数为2～6,平均等位基因数为4.0；期望杂合度为0.235～0.786；Shannon-Wiener多样性指数为0.396～1.608。检测结果显示：9个多态微卫星引物偏离了哈迪温-伯格平衡,24个多态微卫星引物中没有发现连锁不平衡。引物Asi-67123、Asi-77057和Asi-67648经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的扩增条带数>4,引物Asi-55961、Asi-52396、Asi-74654、Asi-68632和Asi-62964聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的扩增条带数≤2,引物Asi-72632、Asi-66034、Asi-46902、 Asi-68191、Asi-48230、Asi-65194、Asi-75067、Asi-75905、Asi-71347、Asi-71954、 Asi-73843、Asi-76964、Asi-72040、Asi-74518、 Asi-70421和Asi-56700聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增条带数≤4。(2)在已筛选出的24对多态微卫星引物中选取10对合成荧光引物对2个家系共68个中华鲟个体进行遗传分析。结果表明：10个微卫星标记共检测到124个等位基因,等位基因数为7-22,期望杂合度为0.733～0.873,Shannon-Wiener多样性指数为1.545～2.179。基于亲子鉴定排除率不低于0.99的标准,最终确定Asi-75067、 Asi-67648、Asi-67123、Asi-73843、Asi-72040、Asi-70421和Asi-56700等7个微卫星标记为中华鲟亲子鉴定的核心体系,其单亲、父权和双亲的累积排除率分别为99.12%、99.95%和99.99%。该微卫星标记组合为中华鲟准确高效经济的亲子鉴定体系建立提供了科学依据。(3)在已筛选出的24对多态微卫星引物中选取12对合成荧光引物对3个中华鲟养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,3个养殖群体平均等位基因数为10.250～13.41,平均期望杂合度为0.790～0.802,平均Shannon-Wiener多样性指数为1.830-1.953,遗传分化指数Fst变化范围是0.114-0.157,表明中华鲟遗传分化程度处于中等水平,无近亲繁殖现象,且太湖与凤凰山中华鲟群体之间的遗传距离小于其他种群之间的遗传距离。分子变异方差分析(AMOVE)显示变异主要来源于群体内(87.4%),小部分来源于群体间(12.7%)。根据Calinski和Harabasz’pseudo-F分析,将3个中华鲟养殖群体分为2个聚类群,根据贝叶斯信息准则分析,将3个中华鲟养殖群体分为6个聚类。本实验不仅对保护现有中华鲟种群数量有重要价值,而且为中华鲟养殖群体的管理策略及遗传多样性水平提供了基础理论。