商业银行是现代金融体系最重要的组成部分,其效率不仅直接影响金融系统的良好运转与稳定,而且关系到现代经济的健康可持续发展,所以,对商业银行效率的研究意义重大。本文将商业银行的经营过程分为资金组织与资金运作两个子阶段,应用两阶段网络DEA方法,结合商业银行贷款质量因素,对2006-2014年中国15家商业银行经营的总体效率、资金组织效率以及资金运作效率给予评价,并对中国商业银行效率的影响因素进行探析。研究发现:中国商业银行效率虽然在国际金融危机期间出现下滑,但总体呈上升趋势;金融危机前,国有商业银行的效率低于股份制商业银行,但是遭受金融危机的冲击之后,凭借市场规模优势与改革“红利”的释放,国有商业银行逐渐追赶上并全面超越股份制商业银行的效率;市场规模、贷存比以及贷款质量是影响中国商业银行效率的主要因素。本文建议加快商业银行混合所有制改革,积极实施“走出去”战略以及提高风险控制能力等措施以提高中国商业银行效率。