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作为企业建立竞争优势的一种组织策略形式，“垂直整合”使企业具有权力提高供应链整体的绩效。 垂直整合战略并非必须以所有权结构来实现，它可以通过不同治理结构牵涉到其他部分的职能。企业可以在不同的竞争环境中应用不同的治理结构来获得经营的利益。该理论以交易成本为发展导向，主要研究企业上游或下游的整合策略，提出以最低的生产成本和交易成本为主线，并依此找出最适合企业的管理结构。 另一种理论提出“组织效率”的概念来考察垂直整合，他们认为垂直整合是为了提高企业整体供应链的绩效。从这个角度看。我们可以运用供应链绩效评价的方法来衡量垂直整合策略的绩效。但不同的供应链系统具有不同的条件及其他复杂性的因素，因此不能用简单的测量方法来评价绩效，而必须发展出适合每个供应链系统的测量方法。 本文进一步发展了数据包络分析(Data Envelopment Analysis，DEA)，衡量供应链绩效的方法。该方法以线性规划的数学为基础，用来比较各个企业整体供应链绩效的指数。DEA的优点在于不涉及参数估计和权重的确定，且评价结果不受指标间不同量纲的影响。DEA模型的缺点在于，忽略了供应链内部子过程间的相互作用，并不能对供应链的内部结构加以分析，而仅仅把供应链内部当作一个“黑箱”来测算它的投入产出效率。 对于DEA方法深入到供应链内部的绩效评价，目前供应链系统绩效评价研究是以复杂性的DEA模型为发展思路。将不同供应链类型的系统分为链形、并形、树形、环形以及网络系统等等方面，并分别给出DEA效率评估方法。这些结果，不只可以对整体供应链绩效进行评价，同时还向供应链内各子过程的绩效评价。 因此，为了扩展更有效的供应链评价工具，本文已发展:（一）链形系统的两阶段供应链DEA合作与非合作模型的绩效改善;（二）链形系统的三阶段供应链DEA合作模型的算法及绩效改善，以及扩展该方法在每个环节中具有不同关系集合的DEA模型及其算法;（三）并联输入树形系统的三阶段供应链DEA合作模型的算法及绩效改善，扩展该方法在每个环节中具有不同关系集合的DEA模型及其算法，并且提升到“多输入树形系统的多阶段供应链DEA合作模型;（四）并联输出树形系统的三阶段供应链DEA合作模型的发展，由于研究中需要考虑产出变化来调整供应链的绩效，因此本文把“并联输出三阶段供应链DEA的“投入导向方法”扩展到“产出导向方法”，并分析该模型的绩效改善。最后把“并联输出的树形系统”提升到“多输出树形系统的多阶段供应链DEA合作模型” 这一系列模型的发展，除了供应链绩效评价模型中的几个创新外，还把模型进行使用于垂直整合的研究领域，应用在泰国龙眼干出口供应链中的绩效比较，发展了三种不同的研究形式，包括:（一）以链形系统三阶段供应链DEA合作模型，在供应链不同垂直整合战略绩效比较的应用，比较3种不同供应链协调类型的绩效。通过该方法比较研究，我们便能确定所考察行业中最佳的供应链协调战略;（二）并联输入树形系统的三阶段供应链DEA合作模型，在外购或自制决策中的应用.模型用来对比当每个供应链采用不同自制与外购的混合战略来购买原材料的绩效。测算每个供应链的每个子环节及整体供应链的绩效，及其策略的绩效改善;（三）并联输出树形系统的三阶段供应链DEA合作模型，在供应链双向渠道分销决策中的应用.测算每个供应链在采用不同双向分销渠道的每个子环节及整体的绩效。从而使我们做出最优的双向分销渠道策略。 因此，本论文的创新与贡献主要有几个领域: 1)整体供应链的绩效评价模型与算法的发展:从一类的两环节链形系统的DEA模型发展三环节的链形系统，以及发展并联输入及输出树形系统的三阶段DEA模型与算法，并且还建立两类多输入及多输出树形系统的多阶段DEA合作模型与算法。提高对某些复杂性供应链系统的绩效衡量的使用，使我们拥有更适合其供应链内评估的工具，开发供应链评估模型与方法的新领域。 2)供应链内系统中具有不同联合关系的模型与算法:本文构建的链形系统三阶段供应链DEA模型中，发展在每个环节之间具有不同的关系（合作或非合作）来开发其他模型与算法。也以并联输入与输出树形系统的三阶段DEA合作模型，发展当每个环节具有不同联合关系（合作或非合作）的模型与算法。 3)发展模型绩效改善的形式:本文第3章将以两阶段供应链DEA模型，发展了该模型绩效改善的形式，第4章与第5章也阐述链形与树形系统的三阶段供应链DEA模型的绩效改善形式。发展并联输入树形系统的DEA投入导向(InputOriented Approach)，发展绩效改善方法，在企业的外购与自制混合决策中的应用。也以并联输出树形系统的DEA产出导向(Output Oriented Approach)，发展绩效改善的方法，在企业的分销渠道决策中的应用。 4)垂直整合研究领域的发展:本研究最初的目的是为了比较每个供应链中具有不同垂直整合形式的绩效。该情形的分析，应用工具必须可以同时衡量各个环节及整体供应链绩效，才能达到该研究的目的。因此，本文已发展的模型是适合垂直整合研究领域的应用。