本文通过文献调研对太湖和北美五大湖的生物区系特征进行分析,并研究美国、加拿大、欧盟、荷兰以及澳大利亚和新西兰等国家水质基准推导的物种选择和数据要求,,结合太湖生物区系特征,从保护水生生物水质基准、保护人体健康水质基准、保护野生生物水质基准和沉积物质量基准等四方面提出我国湖泊水质基准推导所需要的物种选择和数据要求。本研究对全面了解太湖生物区系有较好参考价值,为我国淡水生物区系和水质基准研究提供重要的指导和借鉴意义。通过分析,太湖共有水生生物146科442种,各类生物种类数量相当,其中鱼类25科107种,以鲤科鱼类为主体；底栖动物21科66种,摇蚊科和颤蚓科等种类较多；浮游动物37科103种,臂尾轮虫科、溞科和剑水蚤科等种类较多；浮游植物29科81种,蓝藻门、绿藻门和硅藻门等种类较多；水生植物34科85种,蓼科和禾本科等种类较多。我国有淡水藻类9000多种；浮游动物2700多种；鱼类1000余种；底栖动物900多种；水生植物400多种。北美五大湖有鱼类134种,底栖动物165种,浮游动物132种以及浮游植物1456种,浮游植物种类远多于其他三类生物,鱼类以鲑科和鲤科种类最多。各国水质基准推导的物种选择和数据要求为：对于水生生物水质基准,美国规定至少选择来自3门8科的水生生物,加拿大规定至少选择3种鱼类、3种无脊椎动物以及一种水生植物或藻类,澳大利亚和新西兰要求至少选择4个类群的5个物种,荷兰要求选择至少4个类群的物种,欧盟要求选择至少8个类群的10个物种；对于野生生物水质基准,美国规定选择2种哺乳动物和3种鸟类,加拿大规定至少选择3种哺乳动物和2种鸟类；对于沉积物质量基准,加拿大规定至少选择2种无脊椎动物,荷兰和欧盟要求至少选择10个底栖动物。我国湖泊水质基准推导所需的物种选择和数据要求为：水生生物水质基准推导至少选择鲤鱼科、银鱼科、溞科、臂尾轮科、摇蚊科、蚬科、颤蚓科以及一种最敏感水生植物或藻类；人体健康水质基准推导需要考虑所有可食用鱼贝类；推导野生生物水质基准,至少选择四种鸟类和一种哺乳动物；推导沉积物质量基准至少选择6种底栖动物。