创新的重要性人人皆知，创新才能生存几乎已经成为每个企业的座右铭。创新含有高投入、高风险、高收益以及周期长的特点，所以创新的关键在于资金和人员的投入。企业作为技术创新和研发投入的重要的参与者，既是创新的主要需求者也是创新成果转化为实际生产力的载体。因此，怎样促进企业进行创新成为企业和学术界关注的话题。中小企业是一类特殊的群体，在国民经济中发挥着重要的作用但其也面临着众多的问题，比如资金短缺、成长性弱以及生存周期短等问题。如何促进中国中小企业的成长从根本上要依靠创新，那么影响我国中小企业研发创新投入的因素有哪些以及如何促进其研发投入成为我们关注的问题。对于中国这样一个正处于经济体制改革中的发展中国家来说，制度政策同样是影响企业研究开发投入的重要因素。市场化改革是我国特有的一种制度，作为一种“外因”影响着企业的行为。公司治理结构代表着企业内部管理水平，是影响企业行为的“内因”。这两个因素最终会影响到企业的创新研究开发活动。　　本文以深圳证券交易所的中小企业板上市公司2004-2015年的非平衡面板为样本，首先运用主成分因子分析法得出中小企业公司治理结构的总指数，然后实证考察了市场化改革和公司治理结构之间的关系。其次，主要运用固定效应模型分析了市场化改革以及公司治理结构各个因素对中小企业研发投入的影响。最后，实证考察了公司治理结构对市场化改革与企业研发投入的关系是否具有调节作用。通过研究得到以下结论：市场化改革能够促进中小企业公司治理总指数的提高；市场化水平阻碍了样本企业的研究开发投入；以长短期借款之和来衡量的筹资环境的改善并没有促进企业的研发投入；董事会层面的因素对企业的创新投入基本上都没有显著地影响，而股权激励和薪酬激励都能够促进中小企业的研发投入；股权集中可以显著地促进企业的创新投入，而股权平衡对研发投入没有显著地影响。这些结论在按地区分类的样本中有不同的表现；我们还发现公司治理结构具有调节作用能够弱化市场化改革对中小企业研发创新投入的不利影响。