肺癌EGFR的基因突变检测方法研究

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目的:探讨利用β-GAL相关LacZ基因插入片段阅读框是否含有终止密码子结合蓝白筛选检测EGFR基因缺失突变的可行性,利用高保真聚合酶介导的突变敏感性分子开关检测EGFR基因热点突变,从而指导肺癌患者酪氨酸激酶抑制剂的合理用药。方法:在Genebank中查找EGFR基因19号外显子野生型基因序列,查找pMD19-T质粒LacZ基因序列,根据文献已经报道过的常见的致病突变△E746–A750和△L747–P753(insS),设计普通PCR引物和硫化修饰检测引物,利用重叠延伸PCR方法构建野生型质粒模板EA和△E746–A750突变质粒模板D15、△L747–P753突变质粒模板D18,蓝白筛选转化野生质粒和缺失突变质粒,随后对10份临床肺癌病人血中游离DNA样本进行蓝白筛选,检测是否含有EGFR基因△E746–A750或△L747–P753突变,并测序鉴定蓝白筛选方法的可靠性。随后我们对10份临床组织DNA样本进行鉴定,最后用本课题组开发的高保真聚合酶介导的突变敏感性分子开关分别结合琼脂糖凝胶电泳与荧光定量PCR技术分别对10份临床组织DNA样本进行EGFR基因△E746–A750或△L747–P753突变的定性与定量检测。结果:在LB显色固体培养基上,野生质粒EA的菌落均为白色,而D15,D18突变质粒的菌落均为蓝色。10份临床血中游离DNA样本构建的重组质粒菌落颜色均为大量白色,少量蓝色,挑选蓝色菌落进行测序,可以检测出含有15bp缺失,未检出18bp缺失,对检出15bp缺失突变对应的肺癌组织DNA样本进行测序验证,显示组织样本EGFR基因存在15bp缺失突变,与蓝白筛选结果吻合。高保真聚合酶介导的分子开关结合琼脂糖凝胶电泳检测10份临床肺癌组织样本显示,样本2、4、6号未检测到EGFR基因15bp缺失,其余均检测出EGFR基因15bp缺失,且所有样本均未为检测出EGFR基因18bp缺失。分子开关结合荧光定量PCR结果显示除6号样本外所有样本均出现EGFR基因15bp缺失,拷贝数在103-105左右,另外显示除6号样本外均检测出EGFR基因18bp缺失,但拷贝数均小于10。结论:利用β-GAL相关LacZ基因插入片段阅读框是否含有终止密码子结合蓝白筛选检测EGFR基因突变是一种可行的方法;突变敏感性分子开关技术与荧光定量PCR技术结合能对EGFR基因突变进行定性和定量分析,可能是一种敏感性很高的检测方法。
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