万寿菊(Tagetes erecta),一年生草本,是提取叶黄素的主要原料。叶黄素具有治疗人视网膜黄斑、提高人体免疫力、延缓衰老等功效。链格孢(Alternaria sp.)种类丰富,是广泛分布在世界上的一类重要的真菌,很多大孢子种可以侵染植物。在农业上每年可引起巨大的经济损失。万寿菊黑斑病是危害万寿菊生产的主要病害,2012~2015年,北京周边大面积万寿菊因病害导致严重减产、经济利益受到严重损失。鉴于2012-2015年北京郊区菊产业示范推广情况和存在的问题,我们认为当务之急就是对病原进行鉴定,找出病原。本研究实验材料采自北京周边五个地区,包括延庆县、大兴区、门头沟区、顺义区、张家口,2012~2014年间的万寿菊病样。本研究运用ITS、gpd、Alt a1构建多基因系统发育树,结合万寿菊黑斑病病原分生孢子的形态学指标测定,进行菌种鉴定。研究结果表明:(1)分离物最适培养及诱孢条件,分离物在PDA培养基上,25℃下黑暗培养,一周左右转移到MA培养基上,培养至菌落长满皿时进行诱孢,每天25℃日光灯照射6h,光照设置在17:00~23:00。(2)从多基因系统发育树中,第一组分生孢子形态特征为,孢身大小(65~140)×(15~42)μm,横隔数目为0~7,纵膈数目为3~8,喙长(7~110)×(3~10)μm。产孢表型为孢子链直立,褐色、不分枝或基本不分枝,多数孢子链含7~10个孢子,分生孢子短卵形或长卵形。与万寿菊链格孢的标准菌株形态特征极为接近。(3)从多基因系统发育树中,第一组共40个样本,占三年总材料比例的57.14%,万寿菊链格孢标准菌株分布在该组中,因此引起北京地区万寿菊黑斑病病原的优势种群为万寿菊链格孢。(4)万寿菊黑斑病病原优势种群的稳定性强。从多基因系统发育树可知,采集地、采集时间与优势种群的分布并没有明显相关性,从而也说明优势种的地域分布较为均匀,与种植年份没有关系。针对以后的工作,可以从万寿菊链格孢的生理特性,研究其侵染规律,进行药剂筛选,同时为筛选抗病性品种提供理论基础。