基于转录组测序及生物信息学分析鉴定复发性鼻息肉相关的基因与通路

来源 :贵州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chenqiang_11
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目的:基于高通量测序技术通过对复发性鼻息肉组织m RNA差异性比较,筛选与复发性鼻息肉的发生、发展相关的mRNA,寻找潜在的复发性鼻息肉的作用靶点,为临床用药提供依据。方法:1.选取10例复发性鼻息肉患者的鼻息肉组织,以及10例鼻中隔偏曲、鼻骨骨折患者的正常鼻甲黏膜标本进行全转录组测序。2.使用Illumina Nova Seq6000测序仪,选用PE150模式对上述标本进行测序。使用edge R对上述两组测得的reads进行比对,筛选出差异表达基因(筛选条件:q-value<=0.05,Fold-change>=2)。3.将上述基因在GO和KEGG数据库中进行GO和KEGG富集分析以及蛋白互作网络分析。结果:本研究通过转录组测序共检出32797个基因,其中实验组相对对照组的差异表达基因有552个,GO富集分析显示这些差异基因参与了STAT蛋白入核等生物过程,与免疫突触等细胞组分有关,与趋化因子受体活性等分子功能有关。KEGG富集分析发现复发性鼻息肉的发生发展可能与原发性免疫缺陷、粘蛋白型O-聚糖生物合成、唾液分泌等通路密切相关。之后,我们还构建了蛋白互作网络,并筛选出了节点度最高的中枢基因PTPRC,并发现其与原发性免疫缺陷通路密切相关,可能是治疗鼻息肉的一个潜在靶点。结论:1.利用全转录组测序及多种生物信息学工具,我们对复发性鼻息肉的基因表达谱进行了全面的分析,确定了如CD37、PRB1、MUC7、PTPRC等与复发性鼻息肉作用机制相关几个关键基因,原发性免疫缺陷、粘蛋白型O-聚糖生物合成、唾液分泌等与复发性鼻息肉作用机制相关的信号通路。2.通过蛋白互作网络分析,我们认为,PTPRC可能是复发性鼻息肉发生的一个潜在的重要因子。3.本研究结果可能为复发性鼻息肉患者的治疗策略提供新的视角,然而,需要进一步的实验和大样本量的额外研究来证实这些发现。
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