健康人群血浆游离DNA突变的生物学背景研究

来源 :华南理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fuwanyi
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目前,基于血浆游离DNA(cell free nucleic acid,cfDNA)的液体活检技术已经被广泛用于肿瘤患者个体化治疗和预后监测。尽管如此,在肿瘤早期检测cfDNA依然具有很大的挑战,主要由于目前cfDNA的生物学背景依然不明确。本研究通过二代高通量测序技术,对259例非癌症志愿者的cfDNA体细胞突变进行检测,人群平均年龄为47岁。研究人员创新地构建了二代高通量测序內源标签纠错技术,使检测错误率达到一个极低的水平,约为2*10^-7。该研究首次在国际上建立了高精度非癌症人群cfDNA体细胞突变的背景,并且比较了同一志愿者的cfDNA和全血细胞基因组DNA突变频率的异同。本研究通过两个分别包含508个和559个基因目标区域的捕获测序实验,检测了259个非癌症志愿者的cfDNA样本。研究结果显示,60%(155/259)志愿者的血浆样本均可检出至少一个非同义突变,并且在年龄大于50岁的志愿者中检出比例高达76%。此外,在所有检出cfDNA体细胞突变的样本中,同一配对血细胞样本大多可检出相似频率的突变。其中,检出频率最高的突变基因为血液癌症的驱动基因,例如DNMT3A、TET2、AXSL1和JAK2等。尽管如此,58.4%(192/329)的突变都是类似血液系统克隆演化夹带的突变基因,如NOTCH2、FAT3、EXT2、ERBB4和ARID2等。更重要的是,这些基因同时也是实体瘤的驱动基因。在正常人群和肿瘤患者的血浆cfDNA中,血细胞克隆衍生的突变,包括驱动突变和乘客突变,都是非常常见的。这可能是液体活检中假阳性的主要来源。本研究显示,利用传统二代高通量测序对血细胞进行检测,很难有效地将血液克隆来源的突变和肿瘤来源的突变区分开,尤其是当突变频率较低的时候(ref<0.1%)。因此,对血细胞对照的检测,需要以超高的覆盖深度和极低错误率的错误修正模型来去除背景,这同时也会导致较高的技术难度和成本。
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