基于生物信息学研究FOXD1在头颈部鳞状细胞癌的表达及预后

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yulingjie2006
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景:头颈部肿瘤(Head and Neck Cancer)是一种常见的具有高发病率和高病死率的恶性肿瘤,其中有绝大多数属于鳞状细胞癌。给予头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者精准治疗的困难之处在于其发病部位、肿瘤分期的异质性较高。通过阐明其分子生物学发生发展机制来找到一些特异性的生物标志物对于其精准的临床治疗十分迫切。Forkhead box D1(FOXD1),位于人类基因组的5号染色体长臂1区3带2亚带,是FOX转录因子家族的新成员。已有报道FOXD1在多种水平上参与正常组织的发生、生理功能以及病理学过程。但是其在HNSC中的发生所扮演的角色仍然知之甚少。研究方法:在本研究中,我们首先利用生物信息学在线分析工具对FOXD1在多种肿瘤中的表达情况、相互作用蛋白、相关性基因的功能进行初步分析。通过TCGA数据库和GEO数据库中的测序和芯片数据分析FOXD1在HNSC和癌旁组织中的表达差异及FOXD1与各临床参数的关系,并在细胞系和临床样本中对FOXD1的表达情况进行验证。随后分析了FOXD1的表达与预后的关系。应用ESTIMATE和CIBERSORT算法对于FOXD1的表达与肿瘤微环境的关系及免疫细胞浸润的关系进行了评估。最后,通过基因富集分析对于与FOXD1相关的细胞信号通路和生物学功能进行了预测。结果:通过生物信息学在线分析工具TIMER预测发现FOXD1在HNSC中的表达高于癌旁组织。利用Gene MANIA在线分析工具预测了与FOXD1相互作用的蛋白。应用Linked Omics在线分析工具预测得到了与FOXD1的表达具有相关性的基因,并通过String数据库对此进行分析显示这些基因参与癌症发生发展的相关生物学功能和细胞信号通路。通过对TCGA数据的分析显示,FOXD1在HNSC中表达升高(P<0.001)。我们采用meta分析的方法收集GEO数据库中的11个数据集,结果显示在GSE6631、GSE19089、GSE25099、GSE30784、GSE31056、GSE74530、GSE78060、GSE85195数据集中FOXD1的表达在HNSC组织样本中要高于癌旁组织(P<0.05)。TCGA数据库分析显示FOXD1的表达与HNSC的发生位点(P=0.010)、T分期(P=0.041)呈显著相关性。同时我们在细胞系及临床样本中进行了验证,发现FOXD1的RNA表达水平及蛋白表达水平在口腔癌细胞系中及口腔癌临床样本中的表达要高于正常口腔细胞系及口腔癌旁组织。KaplanMeier生存曲线显示在TCGA数据集中低表达FOXD1的HNSC患者的总体生存率要高于高表达患者(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析显示FOXD1的表达是总体生存率的独立预后因素(P=0.001)。通过ESTIMATE算法,我们发现FOXD1高表达的基质细胞(P=0.026)评分和免疫细胞(P=0.020)评分显著降低。利用CIBERSORT算法,我们发现FOXD1的表达与幼稚B细胞(r=-0.180,P<0.001)、浆细胞(r=-0.133,P=0.023)的比例呈负相关,与激活肥大细胞(r=0.152,P=0.002)的比例呈正相关。最后使用基因富集分析预测发现FOXD1参与癌症相关的KEGG信号通路包括膀胱癌、p53信号通路、细胞周期、黏着斑以及肾细胞癌都在FOXD1高表达组中富集。此外,其生物学功能主要富集在蛋白质折叠、凋亡调控、细胞内蛋白质转运的正向调控、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性的调节、核膜的组织。结论:FOXD1的上调是HNSC的一个潜在的预后标记,并与HNSC的发生位点、T分期有关。FOXD1在肿瘤微环境和免疫细胞浸润中发挥着重要作用。
其他文献
目的:Micro RNA在肿瘤发生发展的方方面面都起着至关重要的生物学作用。先前大量的研究表明,在众多癌症中其中包括髓母细胞瘤,miR-21的水平都是显著增加的。但是,miR-21在髓母细胞瘤具体的作用机制尚未报道。因此本次研究的目的为了探索miR-21在髓母细胞瘤DAOY细胞的作用及其对相关信号通路的影响。方法:通过脂质体TM2000将miR-21 inhibitor、miR-21 inhibi
目的:通过影像组学方法探索矢状位T2WI MRI影像在术前无创预测宫颈癌患者的淋巴脉管间隙浸润(lymph vascular space invasion,LVSI)状态方面的诊断价值,并构建影像组学预测模型以辅助临床诊断和决策。研究方法:本回顾性研究共收集160例宫颈癌患者,以2:1的比例进行分层抽样,随机划分为训练集和测试集。全部患者都在术前两周内进行了MRI检查,并经术后病理组织学检查结果确
目的:编制结直肠癌患者三联预康复策略依从性问卷并进行信度、效度检验,为评估结直肠癌患者三联预康复策略依从性水平,了解策略实施薄弱环节,评价相关干预效果提供测评工具。方法:1.使用检索策略检索国内外数据库,回顾三联预康复策略、依从性问卷编制和依从性理论的国内外有关文献,建立结直肠癌患者三联预康复策略依从性问卷条目池。2.通过德尔菲法对临床医学、护理学、运动医学、营养学、心理学等多个领域的15名专家进
研究目的:近年来,随着精准医疗的快速发展,乳腺癌在诊断、治疗、预后等多个方面的总体水平都有了较大的提升,可是有关三阴性乳腺癌预后的问题却依旧困扰着医学家们。尽管科研人员对其做了大量的研究,但是三阴性乳腺癌的预后并未得到明显改善。根据柳叶刀等权威期刊的相关报道,2020年全球乳腺癌的新增病例人数为226万例。乳腺癌已被认定为女性中发病率最高的恶性肿瘤,其中,三阴性乳腺癌(TNBC)约占全部乳腺癌的1
目的:早期B细胞因子(EBF)是一组DNA结合转录因子,具有非典型的锌指和螺旋-环-螺旋结构域,在发育过程中具有高度进化保守性,并且对于维持成体神经元中的神经元特性是必需的。在人类基因组中,EBF3基因可以抑制负责细胞增殖和存活的基因的表达。近些年在胃癌、子宫内膜癌和直结肠癌等恶性肿瘤中均有相关研究例证EBF3 DNA启动子区域存在的甲基化,致使主流认为EBF3基因的失活阻断正常的发育途径,导致未
目的:本文以192例病人的直肠癌T1WI MRI影像为研究对象,针对T1WI MRI影像中的直肠癌病灶精准分割展开研究,获取肿瘤的解剖位置、形态以及大小等信息,为医生在制定直肠癌放射治疗方案和手术过程中提供参考。研究方法:在充分研究影像中直肠癌病灶特点的基础上,本文提出一种基于编解码器结构的两阶段直肠癌T1WI MRI影像病灶分割模型,两阶段模型具体包括病灶检测模型和病灶分割模型。第一阶段的病灶检
目的:探究65例急性淋巴细胞白血病初发患儿培门冬酶治疗后静默失活现象的现状及其相关影响因素,以进一步提高化疗中培门冬酶的有效性。方法:选取2018年9月~2021年3月在深圳市儿童医院使用培门冬治疗的初发急性淋巴细胞白血病患儿65例,采用SIGMA门冬酰胺酶活性检测试剂盒(比色法)检测患儿培门冬酶治疗后第7天的活性,并结合患儿的一般特征及临床数据进行分析。结果:SIGMA门冬酰胺酶活性检测试剂盒在
目的:探讨多模态磁共振成像技术在急性淋巴细胞性白血病(Acute lymphoblastic leukemia,ALL)患儿化疗前后脑结构变化中的应用价值。研究方法:收集我院2019年8月~2020年12月初发ALL的病例组24例及年龄、性别相匹配的正常对照组24例行颅脑MRI检查,采用磁共振峰度成像(diffusion kurtosis imaging,DKI)获得平均峰度(mean kurto
目的:探讨基于肺癌放化疗前增强CT图像的影像组学方法对非小细胞肺癌放化疗敏感性的评估。方法:回顾性分析从2010年11月至2019年12月北部战区总医院经病理证实为非小细胞肺癌,具有完整的放化疗前肺部增强CT影像数据125例(共236个病灶),以随机分配原则把患者按照1:4比例分为验证组及训练组。实体瘤疗效评价标准1.1[5](Response Evaluation Criteria in Sol