中华菊头蝠(Rhinolophus sinicus)在中国分布于东洋界的六个地理亚区以及古北界的一个地理亚区，涉及12个省份。现有文献认为中国的中华菊头蝠包含R.s.sinicus和R.s.septentrionalis两个亚种，但迄今为止，国内还没有针对该物种大范围的形态和分子序列综合比较研究，不同地理种群的分化程度以及是否有新的亚种存在等问题目前并不清楚，因此，有必要探讨该物种的分类现状。为了探讨中国不同地区中华菊头蝠之间的差异及分化水平，2013-2016年，我们对中国南方的福建、重庆、海南共8个省份进行了详细考察，总共调查详细调查了103个蝙蝠栖息的洞穴，采集到了中华菊头蝠标本的总共有17个洞穴，收集了相关数据。将外形和头骨数据和分子生物学的研究方法结合起来，对不同地区中华菊头蝠进行了比较研究。利用SPSS20.0对中华菊头蝠的16项外部形态和21项头骨形态指标进行统计分析;对其COI和Cytb基因的遗传差异进行比较并构建系统发育树，并且对中华菊头蝠差异成因及亚种分类问题进行了探讨。　　一、研究区域涉及东洋界的六个动物地理亚区:闽广沿海亚区、东部丘陵平原亚区、海南岛亚区、西部山地高原亚区、西南山地亚区和滇南山地亚区。共捕获中华菊头蝠99只，在野外对捕捉到的中华菊头蝠16项外形数据进行了测量，采用翼膜打孔的方法取材，所取材料用于分子生物学实验。将其中29只蝙蝠和所取材料存放于95％的酒精中，带回学校，然后将测过外形数据的以及进行过翼膜提取的蝙蝠原地释放，将带回去的蝙蝠制成剥制和头骨标本，测量头骨的21项指标。利用SPSS20.0软件对中华菊头蝠的外形及头骨数据进行单因素方差和判别分析。　　二、针对中华菊头蝠单因素方差结果显示:对于中华菊头蝠，它们雌雄之间差异不大，但是不同地理种群之间差异很大。针对中华菊头蝠判别分析结果显示:六个地理亚区中华菊头蝠的外部形态及头骨差异均较大，在散点图上，它们分为三个组，判别正确率较高，因此，六个亚区的中华菊头蝠在形态上存在显著性差异，应该属于三个不同的亚种。　　三、滇南山地亚区与其他亚区之间，中华菊头蝠Cytb及COI的序列遗传差异分别为4.7％-6.9％和4.3％-5.3％，该差异达到了亚种水平。闽广沿海亚区、东部丘陵平原亚区和海南岛亚区，中华菊头蝠的Cytb和COI的序列遗传差异分别为0％-2.3％和0％-1.4％，三个亚区与其它亚区之间的Cytb及COI的序列遗传差异分别为2.5％-3.5％和2.5％-4.8％，该差异达到了亚种分类水平。西南山地亚区与西部山地高原亚区之间的Cytb和COI的序列遗传差异分别为0.7％-1.1％和0.5％-1.7％，这两个亚区与其它亚区之间的遗传差异为2.5％-6.9％和2.5％-5.3％，该差异也达到了亚种分类水平。基于COI和Cytb系统发育分析的研究结果表明，东洋界六个地理亚区的中华菊头蝠分别聚为三个不同的单系枝，应该分属于三个不同的亚种。　　四、结合形态、分子序列差异及系统发育树的结果，可以看出，中国东洋界六个地理亚区的中华菊头蝠包含三个亚种:闽广沿海亚区、东部丘陵平原亚区和海南岛亚区的种群为R.s.sinius，西南山地亚区与西部山地高原亚区的种群为R.s.septentrionalis，滇南山地亚区的中华菊头蝠应该为一个独立的亚种。　　五、由于缺乏古北界青藏区的中华菊头蝠样本，该地区的中华菊头蝠究竟属于什么亚种，需要进一步研究。