当今社会经济全球化进程不断加快，科学技术水平日益提高，公司要在严峻的国内外竞争环境下处于优势地位，主要取决于提高资源的优化配置效率，优化技术创新水平和缩短产品的研发周期。为企业建立有效的研发内部控制制度，降低公司在新产品开发过程中的风险，确保公司在新产品开发过程中的持续性和有效性，对于公司提高整体竞争力和管理水平显得尤为重要。现阶段研究中烟公司研发内部控制制度具有很强的针对性及现实意义。本文通过对国内外研发内部控制经典理论的综述，分析了研发内部控制的发展现状。阐述了研发内部控制的相关理论委托代理理论和风险管理理论的相关内容，并在相关理论的基础上，阐述了我国烟草工业企业的行业特点及内部控制的现状。并以A省中烟工业公司为例，以其研发流程为主要线索，详细的分析了在研发的立项环节、执行环节、结题验收环节和开发保护环节公司现状。针对现状，列举其在研发内部控制中的风险和存在的主要问题。问题主要体现在一下几个方面：第一，人员的权责划分不明确。第二，各环节授权审批的制度不够完善。第三，各环节流程不够完善。针对以上现状和存在问题，并以研发内部控制相关理论为分析基础，提出研发内部控制制度的改进方案，完善研发内部控制制度。本文提出的完善烟草工业公司研发内部控制制度的措施对于烟草行业研发内部控制具有一定的普适性，对于研发风险控制具有重要意义。