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莲是重要的水生观赏植物和经济作物，花期是影响其观赏价值的重要指标。莲存在两大自然生态型，即热带型莲和温带型莲，两者具有明显不同的生长发育习性，尤其是花期差异显著。目前，对于这两种生态型莲花期存在显著差异的分子遗传机制尚不清楚;国际上对莲花期遗传变异规律的研究尚处于探索阶段。本课题在莲已有相关研究的基础上，利用具有较高DNA序列多态性且花期存在显著差异的温带型莲白鸽‘BG’（母本）和热带型莲冬红花‘WR1’（父本）及其杂交所构建好的F2分离群体为研究材料，采用全基因组重测序技术获得了该群体的SNP标记，进行了莲高密度遗传连锁图谱的构建和花期QTL的定位，主要结果如下: (1)通过对两亲本及F2群体的91个单株进行全基因组重测序，以‘中国古代莲’基因组序列为参考，利用BWA、Samtools、Perl等软件进行了SNP标记的检测。结果，母本白鸽和父本冬红花分别检测到2789566和2592577个SNP位点，其中两亲本间有多态性SNP位点为296706个。F2群体共检测到285895个SNP位点，其中aa×bb类型的标记数为27527，lm×ll类型的标记数为214643，nn×np类型的标记数为23811，hk×hk类型的标记数为19914。 (2)将符合F2群体构建连锁图要求的aa× bb类型标记按物理距离和标识相似度进行bin处理，得到911个bin标记，用于遗传连锁图谱的构建。该图谱有9个遗传连锁群，含862个bin、22728个SNP，全长706.31 cM，相邻bin标记间的平均距离为0.81 cM。各遗传连锁群上平均SNP标记数为2525，其中LG3所含SNP标记最多为9854个;LG9所含标记最少，有304个。各遗传连锁群的长度变化范围较大，其中LG1最长，包含6401个SNP、长度为183.50 cM; LG9最短且SNP数最少，长度为17.44 cM。 (3)结合莲花期表型数据和遗传连锁图谱进行花期QTL定位，共检测到9个花期相关QTLs，分别位于LG1、LG3、LG5、LG8上，其中LG1上QTL最多，有4个QTLs，解释表型变异率为16.32％～23.82％、LOD为2.80～4.13。在LG1上，2014年群体花期与2015年始花期这两个性状的QTL区间重合，QTL区间大小为3.7 cM（99％置信区间）。在LG5上，2014和2015年始花期QTL区间重合，QTL区间大小为3.6 cM（99％置信区间）。这2个重复检测到的QTL是目标QTL位点，将其分别命名为qNnFTlg-1、qNnFTlg-5，平均解释变异率分别为21.00％、12.05％。 (4)结合莲基因组数据库LOTUS-DB，对qNnFTlg-1和qNnFTlg-5对应区间内的序列进行检索，分别得到177个和5个候选基因。通过对基因功能分析，发现有3个基因MFT(NNU_09945)、COL3(NNU_16181)、GA2ox8(NNU_04260)，可能是参与莲花期调控的主要候选基因。 本研究利用全基因组重测序技术构建莲的高密度遗传连锁图谱，首次进行莲花期性状的QTL定位研究，并对花期候选基因进行了预测，可为进一步阐明莲花期差异的遗传机制、选育具有较长花期的莲新品种提供研究基础与理论依据。