植物基因工程技术的迅速发展，在带来巨大利益的同时，也给人类社会和自然界带来风险。虽然在实验室条件下人们可以非常精确地对DNA进行剪接，但一个外源基因导入植物体后，对整个植物基因组的影响人们尚不能完全预测和控制。植物体是一个极其复杂的生命系统，以我们现有的科学知识和技术手段还不能完全控制和支配植物的遗传。基因工程可能导致我们无法预测植物性状改变，有时这种改变在短时期内甚至难以觉察，但却可能给环境、生态系统、人身健康带来巨大的风险。由于植物基因工程的风险及这种风险的长期性、不可预测性，我们必须防患于未然。 当前植物基因工程生产的转基因植物主要应用于农业(含林业)和医药领域。农业领域主要是向植物转入各种有用基因，特别是抗害、抗逆、性状改良基因等。医药领域主要是利用转基因植物作为“植物生物反应器”生产口服疫苗及医用蛋白等。植物基因工程带来的风险主要是对生态环境的潜在威胁和对人体健康的可能危害。其中生态风险主要表现为转基因植物杂草化和基因漂移；抗虫转基因植物对非目标生物的影响；病毒寄主范围扩大与病毒重组；转基因植物的积累和级联效应等。健康风险主要表现为转基因植物及其产品可能含有已知或未知的毒素或过敏源，对人体产生危害；基因工程导致植物的某些营养成分或营养质量发生变化，引起人体的某些症状；标记基因传递可能导致的风险等。 本文探讨了风险及风险分析的基本理论和传统的植物基因工程安全性评价的目的、程序、方法、原则、等级划分及其不足。构建了新的植物基因工程三维递进风险评估法。即在传统的安全评价方法的基础上，按照基于转基因植物本身的风险评估、基于生态系统的风险评估、基于社会层面的风险评估的三维风险评估体系对植物基因工程的安全性及其风险进行评价。引入效益—费用分析法和风险补偿率分析法，综合评价植物基因工程项目的风险。 植物基因工程的风险控制与安全管理早己引起各国政府的高度重视。本论文分别考察美国、英国、日本、澳大利亚和我国的植物基因工程安全管理制度。引入植物基因工程项目风险管理最优化控制和总体风险控制机制。构建植物基因工程风险控制因子解释结构模型，用C语言编制计算机计算程序，解矩阵，求得风险控制因子分级递阶结构，并给出科学的风险控制建议。结合我国植物基因工程风险评估与安全管理的不足，提出加强我国植物基因工程风险评估与安全管理的对策。