近年来在公司设立过程中，由于公司发起人虚报注册资本、提交虚假材料等骗取公司设立登记等违法行为屡见不鲜，如何通过撤销公司瑕疵设立登记，以有效防止公司发起人的违法行为，维护因信赖利益遭受损害的利害关系人的合法权益，保障市场交易秩序的安全，是我国公司登记法律制度面临的重大挑战。我国公司设立登记行政撤销制度存在亟待完善之处，正确适用公司设立登记行政撤销制度，需要界定公司设立登记行政撤销和相关概念的定义，加深对这一制度功能与价值的认识和挖掘。依据《公司法》第199条的相关规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，情节严重的应依法撤销其公司设立登记。公司设立登记被撤销后，公司发起人、出资人及申请人需要承担相应的法律责任，对公司设立及经营过程中所产生的债权债务应承担连带清偿责任。公司登记机关有过错的，也应承担相应的赔偿责任，从而为利害关系人寻找到救济途径。但从近年来公司瑕疵设立登记有增无减的趋势来看，法律对其所产生的遏制作用则相当有限。因此，有必要从多方面、多角度来完善我国公司设立登记行政撤销制度。由于撤销公司设立登记具有溯及既往并否定公司有效成立的法律效力，诱发连锁性的债务清偿危机，所以要严格限制公司设立登记行政撤销的自由裁量权，慎用公司设立登记撤销制度；完善设立登记行政撤销的前置性补救措施；建立公司设立登记行政撤销司法监督程序以及强化公司设立登记撤销责任人的赔偿责任。