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中国与东盟十国于2010年建成了中国—东盟自贸区。十多年来,双方分别于2002年、2004年、2007年和2009年先后签署了《中华人民共和国与东南亚国家联盟全面经济合作框架协议》、《货物贸易协议》、《服务贸易协议》和《投资协议》,并度过了经贸关系发展的“黄金十年”。在此期间,中国与东盟有关知识产权方面的贸易、服务、投资、货物等方面的往来也日益频繁,随之而来的是中国和东盟之间的知识产权纠纷也越来越多。因此中国—东盟自贸协定中有关知识产权保护问题的规定还有待通过中国—东盟自贸区升级版谈判这一路径进行完善。本文的主体内容共分为四部分。第一部分从中国—东盟FTA中知识产权保护存在的背景出发,简要概述了中国—东盟FTA中规定的知识产权保护的内容,为下文具体分析中国—东盟FTA中知识产权保护存在的问题、存在这些问题的原因以及提出对中国—东盟FTA中的知识产权保护这一问题进行完善的措施奠定了基础。第二部分则简要指出了中国—东盟自贸协定中的知识产权保护存在的缺乏明确的知识产权保护指导原则、缺乏对生物资源等自主特色知识产权保护、缺乏有效的知识产权争端解决机制以及缺乏知识产权的执法力度等问题并分析了存在这些问题的原因。第三部分通过对中国与其他国家已经签订的FTA中的知识产权保护制度进行的比较研究,提出了在现阶段可以通过借鉴中国与其他国家FTA中的知识产权保护的经验建立适合中国—东盟自贸区的知识产权保护方案,提高本区域知识产权保护水平。第四部分指出了要推动中国与东盟的区域经济发展与进步,就要及时地推进适应现阶段发展水平的中国—东盟FTA中的知识产权保护问题的研究,努力使中国—东盟FTA中的知识产权保护制度得到完善。通过中国—东盟自贸区升级版谈判向更高标准的新议题如知识产权进展这一路径提出了对中国—东盟FTA中的知识产权保护问题进行完善的构想与建议,并提出了自己对这一问题的完善和对未来发展趋势的思考与看法。