基于SAGE技术的家蚕雄性幼虫高温处理前后差异表达基因筛选及分析

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家蚕是重要的绢丝经济昆虫,具有重大的应用和科研价值。研究家蚕幼虫对高温逆境环境的基因表达差异,对于阐明家蚕对高温的反应机制和培育抗高温家蚕品种具有重要的理论意义。本文以家蚕品种“7532”雄性为试验材料,5龄期设置高温组和常温组,解剖家蚕5龄幼虫饷食24h、72h和熟蚕的脂肪体、丝腺和中肠,提取各时期相关组织的总RNA,分别以雄性常温和雄性高温的各时期的混合组织为材料,运用基因表达系列分析(SAGE)技术分别构建家蚕5龄雄性幼虫高温与常温2个SAGE文库,并结合实验室构建的家蚕5龄雌性幼虫高温处理前后SAGE文库,筛选出与性别无关的差异表达显著的热敏感标签和基因进行了分析。获得主要结果如下:1. SAGE文库的构建与分析成功构建了家蚕5龄雄性幼虫高温处理前后的2个SAGE文库。对构建的雄性常温和高温的2个SAGE文库分析可得,雄性家蚕幼虫常温组和高温组分别有355万和358万个原始标签(tags),通过两个文库的分析比较,获得917个差异显著的基因,其中经高温处理后上调的基因有590个、下调的有327个。随机选择了3个基因用RT-PCR的方法验证SAGE标签出现的次数是否和对应的基因表达丰度相一致,结果表明文库的数据是可靠的。基因本体论(GO)分析两个文库中的差异表达基因的归类情况,发现它们分布相似的,说明高温前后这些基因都参与了类似的生理过程。通过对两个家蚕SAGE文库中917个差异显著基因的KEGG路径分析,结果显示有804个基因分布到142个KEGG路径中,并且大部分的路径和代谢、生物合成和信号传递有关,这有助于鉴定家蚕抗高温基因以及探究基因网络调控机制。通过结合5龄雌性幼虫高温处理前后两个SAGE文库比较分析,筛选差异标签1876个,其中高温后下降的标签955个,高温后上升的标签921个,非性别因素高温敏感性基因318个。其中高温后上调基因124个,下调基因194个。通过对差异基因的GO分析可得在代谢、催化、绑定功能中富集较多。2. GLGI扩增无注释信息的差异性tag标签GLGI技术是对SAGE文库中未知基因挖掘的高效方法之一。通过GLGI技术扩增,理论上可以得到较长核苷酸序列片段在200bp-1000bp,实验中序列片段长度相对短一些。本实验中选取了18个tag标签,最终得到13个标签的延伸序列,其中8个标签注释到已知基因,有5个标签的延长序列没有匹配到任何基因,这些延伸序列有助于进一步挖掘SAGE文库中的未知基因。3.2个差异基因的时空表达对分析筛选出的2个具有显著性差异的基因分别是分别是热激蛋白基因(BGIBMGA007349-TA)和免疫相关蛋白受体基因(BGIBMGA014360-TA),比较分析高温和常温下这2个基因的时空表达特点。结果表明:高温条件下,免疫相关蛋白基因和热激蛋白基因在中肠、丝腺、脂肪体中的表达量在转录水平上表达量的要高于常温。其中在免疫相关蛋白基因脂肪体中表达量较高。
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