腹泻患者艰难梭菌检测及分析

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目的为了解广州地区腹泻患者中艰难梭菌的分布、产毒素状况、耐药情况及耐药发生的可能机制,本研究对临床腹泻患者粪便标本进行艰难梭菌检测及分离鉴定,并对分离到的菌株进行MLST分型、耐药性及耐药相关基因等的检测分析,为有效预防艰难梭菌感染的暴发流行提供实验室依据。方法2012年3月至2012年12月及2013年3月至2013年12月期间,共收集来自广州医科大学附属第一医院、广州医科大学附属第三医院、中山大学附属第二医院的腹泻患者粪便标本467份。采用粪便基因组DNA提取试剂盒对这些粪便标本进行DNA提取,利用常规PCR方法直接检测粪便中艰难梭菌种特异性tpi基因、毒素A、B基因tcdA和tcdB及二元毒素基因cdtA、cdtB。对tpi基因阳性的粪便标本采用富集芽孢的方式收集艰难梭菌的芽孢,并采用厌氧培养法进行艰难梭菌的分离培养。对通过厌氧培养法初步分离得到的艰难梭菌菌株,再利用PCR的方法检测艰难梭菌种特异性的tpi基因进行艰难梭菌的分子鉴定,同时检测这些菌株的毒素A、B基因、二元毒素基因,并对分离到的艰难梭菌进行MLST分型。采用Etest法测定艰难梭菌对万古霉素、甲硝唑、克林霉素、氨苄西林、莫西沙星、美罗培南、阿莫西林/克拉维酸、青霉素、哌拉西林、哌拉西林/他唑巴坦的MIC值并判定菌株对这些抗菌药物的敏感性;对于耐药菌株,通过PCR和基因测序方法检测相关的耐药基因如克林霉素耐药相关基因ermB及喹诺酮类耐药主要相关基因DNA旋转酶基因gyrA、gyrB的突变情况,初步了解艰难梭菌耐药发生的可能机制。结果467份粪便标本共检测出tpi阳性标本29份,阳性率为6.2%(29/467);其中毒素阳性的有16例,均为A、B毒素基因同时阳性,在tpi基因阳性标本中毒素阳性的占55.2%(16/29)。对29份tpi基因阳性的标本进行艰难梭菌培养,共培养出22株菌,培养阳性率为75.9%(22/29),这些菌株tpi基因均阳性,其中13株菌毒素基因阳性,均为A、B毒素阳性,占59.1%(13/22),未检出二元毒素基因阳性的菌株。对艰难梭菌培养阳性的患者临床资料进行分析,发现培养出22株艰难梭菌的病例中,门(急)诊病人有6例,占27.3%(6/22),其中3例为产毒株,占门(急)诊阳性患者的50.0%(3/6);儿科病人有8例,占36.4%(8/22),其中5例毒素阳性,占儿科阳性患者的62.5%(5/8);其余阳性患者均为成年住院病人,其中5例来自呼吸科,2例来自肿瘤科。22株艰难梭菌可分成9种不同的ST型,其中ST54、ST3为相对优势型别,未检测到高产毒株ST1(核糖体027型)、ST11(核糖体078型)。药敏结果显示,所有菌株对甲硝唑、万古霉素、阿莫西林/克拉维酸、哌拉西林、哌拉西林/他唑巴坦均敏感,未检测到对上述5种抗菌药物耐药和中介的菌株。但测试菌对克林霉素耐药率较高,达90.9%(20/22),在克林霉素耐药菌株(20株)中,16株为克林霉素高耐药(MIC>256μg/ml)株。6株对青霉素耐药,7株中介,耐药率27.3%(6/22)。3株菌对莫西沙星耐药,一株为中介,对莫西沙星的耐药率为13.6%(3/22),3株莫西沙星耐药菌均为高水平耐药(MIC>32μg/ml)。6株青霉素耐药的艰难梭菌中有5株同时对克林霉素耐药;3株耐莫西沙星的菌株同时对克林霉素耐药;所有耐药菌株中,有2株同时对克林霉素、莫西沙星、青霉素耐药,此为多重耐药菌株。5株菌对氨苄西林中介,MIC为1μg/ml。1株对美罗培南中介。其余药物未发现耐药菌株。20株对克林霉素耐药的艰难梭菌中,有8株ermB基因阳性,阳性率40%(8/20)。3株莫西沙星耐药菌株中均检出gyrA、gyrB基因发生突变。结论1、目前广州地区腹泻患者中艰难梭菌感染发病率不高,未检出产二元毒素的高产毒株,但是社区、儿童艰难梭菌感染情况不容忽视。2、本地检出的艰难梭菌基因型别较多(9种),ST54、ST3为相对优势型别,腹泻患者中艰难梭菌感染多为散发,未出现爆发流行。3、艰难梭菌对临床常用抗菌药物耐药率不高,但对克林霉素有较高的耐药率,ermB基因的存在是菌株对克林霉素耐药的原因之一,而gyrA、gyrB基因的突变与菌株对喹诺酮类耐药有关。另外,已出现同时耐三种抗菌药物的多重耐药艰难梭菌菌株。
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