象草4CL基因的克隆与生物信息学分析

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象草(Pennisetum purpureum Schum.)是热带和亚热带地区重要的多年生草本植物,自20世纪30年代从印度、缅甸引入我国试种,因其优良的生物学和生态学特性,受到了工、农、畜牧业的重视。作为第二代纤维质乙醇的原料,其生长速度快、矿物含量低、生物量高等优点,倍受人们青睐。然而,象草中含有的木质素在一般的工艺水平下很难被利用,间接的增加了纤维质乙醇的生产成本,因此能够摸清木质素合成酶的作用机理,并进行生物合成调控的研究意义重大。   4.香豆酸:CoA连接酶(4CL)作为木质素合成过程中的关键酶之一,调控着从羟基肉桂酸到它们相应的硫酯这一必要的活化过程。因此,能够确定象草4CL基因的表达特性,对于培育适合各种不同利用方式的象草具有重要的指导意义,而这一工作的基础就是要首先获得象草的4CL基因序列。   本文以摩特矮象草为实验材料,以木质素合成的关键酶4CL为研究对象,展开了基因片段的克隆、cDNA末端快速扩增,以及该4CL基因序列的生物信息学分析等方面的研究,主要的实验结果如下:   (1)根据已知禾本科植物4CL基因序列,经比对选择同源性较高的区域设计简并引物;用Trizol试剂从象草的幼茎提取总RNA,利用RT-PCR技术克隆到一个长度为536bp的基因片段,经Blastx序列分析证明此片段为目的基因片段。   (2)根据已获得的目的基因片段设计两条3-RACE特异性引物,利用RACE技术扩增序列末端,获得序列长度为678bp,该基因片段含有以TGA为终止密码子和Poly(A)结构。对己获得的基因片段进行拼接,得到象草4CL长度为l187bp的部分cDNA序列,NCBI的登录号为GU997597于2010年5月4日正式发布。   (3)在基于对象草4CL基因核苷酸水平的生物信息学分析中,Blastn和Blastx的结果显示,象草4CL基因与玉米、柳枝稷、黑麦草(4CL3)的相似性和同源性指数都超过了88%,这说明禾本科植物间4CL基因具有很高的相似性。在CpG分析中证明它们的4CL基因都是含有一段高GC含量的序列。   (4)在蛋白质水平上构建了象草4CL酶的一至三级结构,DNAMAN预测的一级结构与可阅读框架的查找结果基本吻合;三级结构预测中能够看到二级结构中的大量无规卷曲和a-螺旋。这些结构特征决定了蛋白质的3个跨膜结构域和1个疏水区域;同时在一级结构中含有54.53%的疏水性氨基酸,并与19~20位信号肽的剪切位点有密切的联系。功能位点预测中的5个N端酰基化位点证明了4CL在木质素合成的酰基化作用。   (5)通过邻接法Neighbor Joining(NJ)构建的4CL系统进化树结果显示:与象草4CL进化关系最近的是玉米,其次是柳枝稷、水稻(4CL3)、黑麦草(4CL3),它们同属单子叶植物纲、禾本科植物;进化关系最远的是双子叶植物拟南芥(4CL4和4CL5)。构建的核苷酸系统进化树,明确地将现有记录的被子植物4CL基因分为单子叶植物和双子叶植物两大类群,这说明4CL基因进化与植物的进化过程具有极其密切的关系。而在4CL氨基酸序列构建的系统进化树中,单子叶植物香荚兰、水稻(4CL2)、黑麦草(4CLl)在进化中出现在双子叶植物类群中。另外,4CL进化在双子叶植物内部也并不是完全遵从物种分化的规律。这些聚类现象可能说明了4CL基因在植物中的分化超前于现代种子植物谱系的分化的事实。
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