基于表达序列标签(Expressed Sequence Tags,EST)开发的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)EST-SNP分子标记,具有数量丰富、多态性高、适合于高通量分析等优点,不仅可用于种质资源遗传多样性评价、构建遗传图谱、品种选育、进化和种群多样性等研究,且EST-SNP直接与功能基因相关,可为遗传性状功能解析和功能基因克隆提供了便利。茶[Caimellia snensis(L.)O Kuntze]是世界三大无酒精饮料之一,也是我国重要的经济作物。饮料植物咖啡(CoffeaL.)在热带和亚热带亚洲、非洲和拉丁美洲国家大量种植,咖啡目前也是全球最广泛消费的无酒精饮料之一,代表着全球数十亿美元的产业。本论文主要利用EST-SNP分子标记技术,以两大饮料植物茶和咖啡为研究对象,进行了相应物种SNP分子标记的开发与应用研究,取得的成果如下:1.利用NCBI中茶树EST和核苷酸序列数据,开发了 1786个候选SNP位点,筛选出96个SNP标记;并用中国40个茶树品种对其进行验证。基于验证结果,筛选出具有多态性的60个SNP标记。最后基于基因分型结果,主坐标分析将40个茶树品种分为三个集群,但使用贝叶斯聚类分析是则分为两个集群,福建省的品种在贝叶斯聚类分析中被分配到华东地区。这些SNP标记与高通量基因分型系统的结合,可有效地构建茶树种质资源的DNA指纹图谱。这些标记可精确的进行基因型鉴定,将是茶树种质资源管理和遗传育种的有效工具。2.基于SNP标记的DNA认证对于优质品牌名誉的保护以及产品的保值具有重要作用。实验使用了包括绿茶、红茶和青茶的14个商品茶作为检测材料,应用60个已开发的SNP标记,通过多位点匹配的统计检测分析鉴定了每个商品茶样的遗传身份。主坐标分析结果表明商品茶使用的茶树品种间具有较大的多样性,并且阿萨姆茶和产于中国茶之间存在着显著差异,而且证明了日本茶树是由中国茶树品种的种子培育而成。通过该方法可以追溯茶产品对应的原始材料,并且该方法结果稳定、成本低,展现出较好的实际应用潜力。3.福建白茶产于中国福建省,是由当地品种制成的特色茶类。由于茶叶市场上普遍存在福建白茶掺假的现象,开发一种鉴定福建白茶植物来源的方法具有现实意义。从国内外市场上共收集125个单片茶样,分别代表从国内外市场上购买的10种商品白茶产品,35种来自福建的白茶适制种和商品白茶,以及30种来自于华南和其他亚洲国家的茶树品种,用192个SNP标记进行鉴定和分析。基于商品茶单个茶芽或叶片的SNP结果,可以明确地区分出10个商品白茶中有6个为非地理标记保护产品。结果表明,本试验方法建立了特定白茶产品单个芽叶与福建白茶适制茶树品种之间的联系。该方法也可应用于其他商品茶中,尤其是用于保护地理标记保护产品、原产地域标志产品。4.利用NCBI中咖啡EST开发了 7538个单核苷酸多态性标记(SNP),并使用来自波多黎各的25个阿拉比卡种(C.arabica)和罗巴斯塔(C.canephora)材料对其中180个SNP标记进行验证。基于验证结果,筛选出在2个种中具有多态性的55个SNP标记。C.canephora种中检测到79.2%的多态性SNP标记,且所有品种能被完全区分。12个C.arabica种中虽然仅检测到21.8%的多态性SNP标记,然而这些标记足以将12个C.arabica材料明确分为10个独特的基因型,及2个突变群体。一些波多黎各当地品种(包括’Limani’、’Fronton’和’TARS 18087’)与其他常见的C.arabica品种(例如’Catuai’、’Borbon’和’Mundo Nuevo’)表现出显著的遗传差异。结果表明,本研究开发出的55个稳定的具有种内和种间多态性的SNP标记可作为基因分型工具,用以协助咖啡种质资源的管理,种植材料的传播以及咖啡品种的鉴定。