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我国面临着愈加严重的水环境问题，其中非点源污染逐渐成为主要的影响因素。长江上游素来有绿色生态屏障之称，是三峡水库的汇水区，跨越重庆、四川等9个省区，地形变化复杂，土壤侵蚀严重，农业畜牧业发展占重要地位，它的非点源污染对长江水质起到一个至关重要的作用，因此对该流域非点源污染状况及其影响因素的评价研究具有重要的指导和实践意义。本文收集整理了长江上游流域的气象、土壤、土地利用、点源及非点源污染排放等基础数据，建立了长江上游流域的水量水质耦合模型GBNP；利用典型断面的1961~1970年的实测日径流量及2007~2008年的实测月泥沙含量及TN（总氮）、TP（总磷）、NH3-N（氨氮）负荷量，率定了模型中的相关参数，并对率定结果进行了验证，结果表明GBNP模型能够较好地模拟长江上游流域的水文、泥沙及水质过程。利用率定验证后的GBNP模型模拟了长江上游流域2000~2008年的径流、泥沙和水质变化过程，分析了降雨径流及非点源污染的时空变化规律，并对各流域出口断面的水质进行了评价，同时对影响河道水质的污染源贡献进行了分析。结果表明，在2000~2008年期间，年均TN负荷量为134.55万t/a，TP负荷量为25.00万t/a，TN负荷强度1.37t/(km2·a)，TP负荷强度0.26t/(km2·a)。TN和TP负荷强度的空间分布规律基本一致，主要分布于四川省的东部、重庆市的北部、贵州省的西南部和云南省的东南部。总氮和总磷负荷的大小与土地利用有很大的关系，尤其农田比例的增多和森林比例的减小都会增大总氮和总磷负荷。总氮和总磷负荷量的年际变化趋势及年内变化规律基本一致，且与径流呈现一定的正相关性。长江上游流域干流出口断面的水质整体处于良好水平，TN是影响该断面水质的主要因子；支流嘉陵江和沱江的水质状况较差，TN浓度属于劣V类，为严重污染，TP浓度属于IV类，为轻度污染。长江上游流域主要以非点源污染为主，TN负荷中非点源占91.28%，TP负荷中非点源占95.99%，因此对长江上游流域来说，控制河道水质的重点在于控制非点源污染的排放。通过施肥管理降低施肥量可以达到控制非点源污染状况的效果，退耕还林措施将旱田变为森林也可有效控制非点源污染状况，且退耕还林比减少施肥量对控制非点源污染负荷的效果更为显著。