不同物种脑中miRNA的克隆及miRNA与物种进化关系初步探讨

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目的:利用本实验室改良的miRNA克隆方法及检测方法,我们从鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲中分别选取罗非鱼(Oreochromis nilotica)、蟾蜍(Xenopus laevis)、巴西龟(Trachemysscripta elegans)、家鸡(Gallus gallus)四种动物的脑为实验材料,丰富物种的miRNA数据库,并初步探讨miRNA在物种进化中的作用,为研究物种的进化提供新的思路和方法。方法:通过Trizol一步法提取四种动物脑中的总RNA,接着用PEG纯化其中的小分子RNA,再经过poly(A)连尾反应在小RNA的3’端连接上一段poly(A),然后在5’端连上adaptor,用Oligo(dT)primer将连接好的小RNA进行反转录,用根据adaptor和Oligo(dT)primer设计的引物来扩增小RNA,扩增后的小RNA进行胶回收后连接到T载体上,转化TOP10大肠杆菌后挑取阳性克隆进行测序,得到的序列再经过生物信息学的分析后确定是否为miRNA。鉴定出miRNA后,设计其特异性引物利用加尾RT-PCR对其表达进行初步分析。结果:1、利用本实验室改良的miRNA克隆方法,成功从罗非鱼、蟾蜍、巴西龟、家鸡中共克隆到8条长度为15-30bp的小RNA,经过Blast比对,二级结构的分析后确认,分别从罗非鱼、蟾蜍、家鸡中各克隆到1条miRNA候选序列,由于没有龟的全基因组序列及已发表的miRNA序列,因此,我们无法对巴西龟中的克隆所得的序列进行分析,但是从巴西龟中克隆到的序列与罗非鱼中获得的序列是相同的。2、将得到3条miRNA,设计其引物用加尾RT-PCR法对它们在这四种物种中的表达进行分析,结果表明这3条miRNA候选序列在这四种物种中的表达存在差异。3、将得到的3条miRNA候选序列序列与已知功能的miRNA序列进行同源性比对,发现这3条miRNA候选序列与物种的生长发育及新陈代谢相关。结论:miRNAs在不同分类地位的物种中具有相当的保守性,同时miRNAs在不同的物种中有不同的表达分析及功能预测结果表明miRNA可能是促进物种发生突变、推动物种进化主要动力之一。功能预测的结果显示,miRNAs在物种进化的过程中同样也在进化,可能是指导物种进化方向的重要因素之一。
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