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峨眉树蛙(Rhacophorus omeimontis)隶属于无尾目树蛙科树蛙属,广泛分布于四川、湖北、湖南、广西、贵州和云南等省份。分布区域内复杂的地形地貌容易阻隔不同地理种群之间的基因流,导致种群间发生显著的形态和遗传分化。为了验证这一假设,本文从外部形态特征(体长)和线粒体DNA遗传多样性两个方面分析了峨眉树蛙不同地理种群之间的形态变异和遗传变异,探讨了第四纪冰期等古气候地质历史事件对峨眉树蛙种群遗传结构产生的影响。利用SPSS19.0软件的Mann-Whitney U检验和聚类分析方法分析了峨眉树蛙8个不同地理种群共473只个体(包括367只雄性和106只雌性)的体长变异,发现：(1)湖南桑植和四川宝兴的峨眉树蛙具有显著的雌雄性二态,雌雄体长存在显著的差别(P<0.01),雌性体长明显大于雄性；(2)不同地理种群雄性体长存在显著的地理变异(P<0.01),湖南、广西和云南屏边3个地理种群的雄性平均体长较大,湖北利川和四川4个地理种群的雄性平均体长较小。应用线粒体DNA中ND2和Cytb两个基因共1729bp的序列分析了峨眉树蛙8个地理种群共204个样品的遗传变异及种群遗传结构模式,得到以下结果：(1)峨眉树蛙具有较高的遗传多样性,204个1729bp的序列中存在119个变异位点,定义了45个单倍型,其中单倍型多样性(h)为0.951,核苷酸多样性(π)为0.019；(2)零公里和糟泡坪两个种群拥有3个共享单倍型,两地理种群间基因流较为丰富,遗传分化不显著,而其它6个地理种群之间遗传分化指数Fst都集中在0.5-0.99之间,明显大于0.25,种群间基因流较为贫乏,遗传分化显著；(3)利用最大简约法和贝叶斯法构建的45个峨眉树蛙单倍型的系统进化树发现,系统进化树分为A和B两个支系,其中A支包括四川和湖北利川5个地理种群,B支包括湖南、广西和云南屏边3个地理种群,在A支系内部四川4个种群组成A1分支,湖北利川种群组成A2分支,在B支系内部广西和湖南种群组成B1分支,云南屏边种群组成B2分支；(4)根据分子钟理论和碱基变异速率,估计A支和B支的分歧时间大概发生在2.6至3.15Ma BP之间,A支系内部四川种群和湖北利用种群的分歧时间大概发生在0.8至1.15Ma BP之间,B支系内部湖南广西种群与云南屏边种群的分歧时间大概发生在1.17至1.35Ma BP之间,这与第四纪冰期的时间相吻合,推测可能是第四纪冰期的冰川效应影响了不同地理种群之间的基因交流,致使不同地理种群间产生了显著的遗传分化；(5)利用Arlequin歧点分布和Tajima’s中性检测分析发现：湖南和广西种群组成的B1分支经历了显著的种群扩张,而其它分支的地理种群则保持稳定。