农地股份合作制是依据我国基本国情以及农业发展状况所创造出的土地流转的一种新型形式,是独具我国特色的农地产权模式。这里所指土地股份合作,是农民对土地经营权采用入股的形式实施股份制合作的制度。近年来,我国多地农村研究落实了对农地股份合作社的试点工作,推动农地股份合作制度的运行实施,促进了土地流转的模式创新、规模经营的效益提高以及职业化专业化农民的素质培养。然而在股份合作的实际运作中,依旧面临诸多风险及困难,农民权益得不到其应有保护,受侵害的情形时有发生。所以,必须积极分析和应对该制度的现存问题,增强对股份合作中农民权益的保护力度。农地股份合作独具中国农村的特色,与我国城乡户籍、社保等制度关系密切,所以在研究该制度中农民权益问题时,不仅需要不断完善股份合作制度的本身设计,还需要推动各项制度的相互配合和适应。由于篇幅限制,在研究土地股份合作制度中农民权益保护问题时,不对其他制度进行考虑,仅从农地股份合作的制度本身层面进行研究和分析。由于我国地域差异大,各地农村所面对的具体问题复杂且不具有同一性,土地股份合作制的具体实施因而存在不同表现形式,根据农地股份合作社在运营管理方面存在的形式差异,可以将其分为自主经营型和内股外租型两种主要模式,现阶段,为了使农民权益得到更大程度的保护,对于经济欠发达地区或制度先期试点时期,适宜选择内股外租型的单要素模式;而对于经济发达地区以及制度发展较为成熟的地区,可以选择多要素模式。农地股份合作制的最核心要素是"股份"和"合作"两个方面,因此,可以从经营权入股的资本运作以及合作社的民主管理两方面划分农地股份合作制中的农民权益内容,股份运作中的农民权益主要包括股东资格界定、股权配置和收益分配等环节的农民权益;合作社管理中的农民权益主要包括农民的入社及退社自由、农民的参与权和监督权以及农民的增值收益权。从广东南海的试点实施开始,农地股份合作制近三十年的发展进程十分迅速,为了更好地尊重和保障农民权益,我国从立法保障、政策支持及制度创新等方面对农民权益问题赋予了不懈努力。然而,从其发展现状来看,现阶段,农地股份合作的制度绩效受到了一定程度的限制,各地实践过程中的农民权益也因此不同程度受到了损害,主要表现在农民的股东权益受损和社内民主管理权益受限。而产生问题的根本原因,在于法律保障的不完善,相关法律的针对性条款缺失、相关法律规范间存在矛盾、自治规则分散适用难度较大、农地承包经营权入股的物权性定性也对其产生了消极影响。针对农地股份合作制中农民权益保护存在的具体问题及法律层面的原因,为了积极应对农地股份合作制运作过程中出现的问题,更好地保障农民权益,首先要完善农地股份合作相关立法,其次要完善农地股份合作的相关环节的具体规定,再次要构建股份合作制度中农民"失地"风险的防范应对机制,最后从民主管理角度,增强股份合作的民主管理水平。