基于Gene Ontology提取癌相关基因的多功能特征

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癌症是一种复杂疾病,其病因通常涉及多种生物学过程的共同失调,而不仅仅是由一些孤立的基因或孤立功能的异常导致的。因此,分析癌相关基因的功能特征组合并探索它们在肿瘤的生成发展中的功能协同机制具有重要的意义。然而,利用现有的工具在解释疾病基因列表时,往往得到的只是一些孤立的功能类,无法分析疾病发生发展中各个功能之间的协同机制。在本论文中,基于基因本体论,我们提出了一种启发式搜索的算法来提取那些显著富集癌相关基因的功能特征组合。通过整合多个数据源得到一个可靠的癌相关基因列表,我们发现所提取出的功能特征组合能够为研究肿瘤生成所涉及的多功能基因在功能上的协同作用提供重要的线索。另外,通过蛋白质互作数据,我们发现所提取出的功能特征组合的枢纽基因更倾向于是癌基因,它们的异常改变可能同时导致多个功能的失调并进而诱导癌症的发生。所以,多个生物学过程的联合失调很可能由多功能基因的失活或枢纽基因的功能异常所导致,说明了协同机制在癌症的发生发展中发挥着重要作用。总之,我们探讨了功能协同机制在疾病中的普遍性,并强调所得的结果反映了在功能协作水平上研究疾病机制的重要性。此外,我们的结果为生物学家提供了大量有价值的生物学假设,从而有助于生物学实验的设计来研究癌症机制中的功能协同作用。
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