衣原体(Chlamydia spp)是一类革兰氏阴性、专性细胞内寄生、具有独特双相发育周期、可感染人和动物而引起多种传染性疾病的原核微生物。目前已在感染动物中发现流产衣原体、家畜衣原体、猪衣原体、鹦鹉热衣原体和鼠衣原体等17个衣原体种类。自上世纪70年代在青海牧场牛羊群中发现有绵羊因感染衣原体而引起流产以来,目前已在国内多个省(区)先后有绵羊、山羊、猪和奶牛因感染衣原体引发流产疫病的报道。但此类报道主要是畜群内的血清流行病学调查和动物病例的个案分析,缺乏区域性或全国范围的分子流行病学调查研究,从而限制了对动物感染衣原体的预防措施或方法的科学制定和有效实施。本研究采集羊群阴道、直肠拭子,流产胎儿等样品、通过PCR基因扩增及测序分析,衣原体分离培养等技术手段对我国西北地区绵羊群和陕西关中地区山羊群感染的衣原体病原遗传多样性进行了调查研究。同时,利用分子生物学技术通过构建原核表达载体,在大肠杆菌中克隆表达了流产衣原体蛋白酶样活性因子(chlamydial protease like activity factor,CPAF)的全长编码基因,诱导获得其重组蛋白,为进一步建立动物感染流产衣原体的快速检测方法提供候选抗原。本研究获得如下结果:1.西北地区绵羊群中衣原体感染率较高,其中流产衣原体和家畜衣原体两个种类在绵羊群中普遍感染,且感染率接近,分别为64.90%和60.94%,偶有羊只感染鹦鹉热衣原体。在绵羊群中,流产衣原体流行菌株基因型比较保守,基因型主要为ST150和MLVA 2型;家畜衣原体流行菌株表现一定的遗传多样性,主要为3种ompA基因型;在致病性方面,流产衣原体可能是引起绵羊流产的主要病原之一。2.陕西关中地区奶山羊群普遍感染流产衣原体和家畜衣原体,其中,流产衣原体感染率高于家畜衣原体。奶山羊群中流产衣原体的流行菌株基因型与绵羊群中的流行菌株的基因型基本一致,说明流产衣原体可能是引起奶山羊流产的主要衣原体病原。家畜衣原体流行菌株同样表现出遗传多样性,表现为3种ompA基因型,与绵羊群中的流行菌株ompA基因型存在差异。3.成功克隆了流产衣原体蛋白酶样活性因子(CPAF)的全长编码基因,构建了原核表达载体,诱导获得了重组CPAF蛋白。该重组蛋白能够与流产衣原体阳性血清中的抗体发生特异性结合,为建立流产衣原体感染的血清学快速检测方法提供了候选抗原。综上所述,本研究有助于了解我国西北地区羊群感染衣原体病原的种类、遗传多样性及其致病性,为该地区动物感染衣原体的快速诊断和防控提供了参考和理论依据。