洪武十四年征滇之役后,芒部土司归附明朝,明朝在该地设芒部卫,芒部卫的设立引起了芒部土司的抵制,明朝撤销芒部卫,于毕节驿设立毕节卫,统管原芒部卫的军屯。随后明朝调整了芒部的行政区划,确立了芒部土司的贡赋,除朝贡外,芒部土司还负责毕节卫层台驿和白崖驿的军粮和驿马的供给。嘉靖初,芒部土司内部争袭,明廷趁机对芒部改土归流,改设镇雄府,下设威信、安静、怀德、归化四长官司。但改土归流引发了土司势力的不断抵制,最后镇雄革流复土。嘉靖芒部改流的政治遗产是保留了四长官司和新的土司袭替禁例的出台。四长官司的设立,标志着镇雄土司已不是完整的土司个体。万历年间镇雄知府安尧臣开始了一系列兼并四长官司的战争,四长官司覆灭后,镇雄实行的行政制度是火头白勒制和九扯九纵制。为防止土司之间发生战争,明廷出台了禁止土司之间联姻及仇杀的袭替禁例,然而这些禁例形同具文。明末芒部周边土司之间的战争层出不穷,边省巡抚奏请调整洪武年间划定的行政区划以便就近管控,但无果。其中东川土司的历史遗留问题成为雍正年间镇雄改土改流的导火线。针对东川问题,鄂尔泰提出了对乌蒙和东川改流的建议,川陕总督岳钟琪随即提出镇雄改流的主张。在鄂尔泰的布局下,顺利拿下了乌蒙、镇雄和东川。虽然在改流的过程中四川和云贵官兵并不配合,改流之后所派流官也良莠不齐,但镇雄最终得以顺利改流。究其原因,首先在于明末清初以来镇雄周边局势发生了大的变化,周边土司基本上被改流,镇雄势单力孤,其次在于鄂尔泰的布局得当和镇雄土司上层势力的支持,最后是四长官司设立以来,民族间的交往越发频繁,加上镇雄府学的建立,镇雄民众对流官统治的认同度较高。