近年来,中小型高新技术企业发展迅速,不仅是我国新的经济增长点,也是促进就业、促进科技进步的主力军。研发活动是此类企业的核心业务,具有高投入、高风险的特点。研发活动的合理有效运行是此类企业持续健康发展的生命线,但由于中小企业在技术、资金、人才等方面投入不足,往往伴随着比大型企业更高的风险。如果缺乏有效的内部控制,很可能导致研发成本高、效率低、人员流失严重、成果外泄,甚至研发失败等问题。因此,在研发过程中进行有效的内部控制对中小型高新技术企业至关重要。科学完善的研发活动内部控制制度,不仅可以提高企业的研发效率,而且可以增强研发团队的合作精神,提高资金使用率并降低研发风险,是中小型高新技术企业发展的有力保障。文章以西安市中小型高新技术企业W公司为研究对象,首先,对内部控制理论研究、中小型高新技术企业界定、研发活动进行概述,重点讨论了高新技术企业研发活动特点,中小型高新技术企业研发活动内部控制的目标、要素、流程。其次,以这些理论为基础,针对W公司研究与开发内部控制流程,详细分析了W公司在研发立项、研发实施、项目验收、研究成果开发与保护、研发评估阶段的运行情况,指出在此过程中存在的问题。主要问题有:各环节授权审批程序不严密、制度不完善、管理人员风险意识淡薄等。最后,针对以上现状和存在的问题提出相应的优化措施,完善了其内部控制制度。这些工作对中小型高新技术企业研究与开发内部控制制度的理论研究具有一定的积极意义。论文采取理论研究与案例分析相结合形式,根据成熟内部控制理论以及国内外相关学者对研发活动内部控制的最新研究成果,将内部控制研究切入到中小型高新技术企业研发活动中。通过论文的研究,为加强W公司研发活动内部管理、提高其对研发活动关键环节和关键流程的风险控制能力,提供了切实可行的解决途径,也为公司提高市场竞争力、实现持续发展指明了方向。